المرجعيّة بعد وفاة استاذه الشيخ موسى ابن الشيخ جعفر كاشف الغطاء سنة ١٢٤١ﻫ ١٨٢٥م. ولكن وصل إلى المرجعيّة العامة بلا منازع بعد وفاة الشيخ حسن ابن الشيخ جعفر كاشف الغطاء الذي كان مرجعاً أعلى إلى سنة ١٢٦٢ﻫ ـ ١٨٤٦م.

وبذلك اصبح الشيخ صاحب الجواهر مرجعاً للمسلمين قاطبة، وقد كانت حوزة الشيخ صاحب الجواهر العلمية الدرسيّة تَضُمُّ المئات من التلاميذ من غير العرب والعشرات من المجتهدين، وقد عمل على ارسال وكلائه إلى البلدان المختلفة وحلّ لمنازعات الناس وحملهم على التفكير في حلّ أي طارئ يطرأ للمسلمين ولو بمراجعة مرجع العصر إن احتج إلى ذلك . واليك حجة من وكلائه في العالم الإسلامي كما ذكرها الدكتور قاسم مهدي حمزة الموسوي في كتابه عن مرجعية صاحب الجواهر الذي هو رسالة دكتوراه[١]. قال:

١ـ ففي النجف كان وكيلة الشيخ راضي ابن الشيخ محمّد ابن الشيخ محسن ابن الشيخ خضر الجناجي، أحد تلامذته، الذي أصبح فقيهاً لامعاً، يستفتى من قِبَلِ أهالي المدينة، والذي كتب حاشية على رسالة أستاذه الشيخ صاحب الجواهر. وكان أيضاً لتلميذه الشيخ نعمة ابن الشيخ علاء الدين الطريحي النجفي، الذي كان له التقدم والثقة للإمامة في صلاة

[١] آية الله العظمى الشيخ محمّد حسن النجفي صاحب الجواهر، دراسة لاثر المرجعيّة الدينية النجفيّة الفكرية والاجتماعية والسياسية في العراق والعالم الإسلامي: ٩٦ ـ ١٠٥.