كرده است و از شيعه روايت‌ ابورافع‌ را نقل كرده حاكى از اينكه‌ على‌ (ع) قرآن را كما انزل الله‌ تأليف كرد و نيز روايت امام‌ باقر (ع) را آورده است مبنى بر اينكه مصحف قائم آل محمد ترتيبى موافق نزول و مخالف ترتيب مصحف موجود دارد. نيز از شيخ مفيد و علامه بلاغى‌ آورده است كه امير مؤمنان (ع) قرآن را از اول تا آخر به ترتيب نزول تأليف كرد و در آن مكى را بر مدنى و منسوخ را بر ناسخ مقدم داشت. آيت‌الله معرفت اين تصور را رد مى‌كند كه اعتقاد به تفاوت ترتيب مصحف امام‌ على‌ (ع) با مصحف رايج، مستلزم اعتقاد به تحريف قرآن است. آيت‌الله معرفت روايت‌ يعقوبى‌ را مبنى بر اينكه ترتيب سوره‌هايش بر خلاف نزول است، رد كرده و نوشته است: اين توصيفى كه‌ يعقوبى‌ درباره ترتيب مصحف امام‌ على‌ (ع) آورده است، به كلى با توصيف اجماع ارباب سير و تاريخ مخالف است.

به نظر آيت‌الله معرفت در مصحف كنونى، ترتيب آيات در سوره موافق نزول است و اين ترتيب تنها در موارد اندكى نقض شده است؛ لذا بايد اصل را بر اين نهاد كه ترتيب آيات در سوره موافق نزول است، مگر آنكه با دليلى خلاف آن ثابت شود و آن جز در موارد اندكى قابل اثبات نيست و اگر هم موارد نادرى برخلاف ترتيب طبيعى ثابت شود، آن جز با دستور و اشاره خاص پيامبر (ص) نبوده است.

آيت‌الله معرفت ضمن آوردن رواياتى، امتيازهاى محتوايى مصحف امام‌ على‌ (ع) را اين‌چنين توصيف مى‌كند: يكى از امتيازات آن اين است كه در آن همان قرائت رسول خدا به دقت ثبت شده بود. قرائت امام‌ على‌ (ع) در آن با قرائت رايج اختلاف داشته است. در عين حال آن امام تغيير قرائت مصحف كنونى را جايز ندانسته است. به نظر آيت‌الله معرفت، امام‌ على‌ (ع) به اين جهت نظر بر تغيير قرائت نداشت كه مى‌خواست مصحف موجود در مصونيت كامل از تحريف و تبديل بماند. ناگفته نماند كه آيت‌الله معرفت بر اين نظر است كه از ميان قرائات موجود، قرائت اصيل و صحيح قرائت‌ عاصم‌ است و لذا بيان ائمه (ع) را كه فرموده‌اند كه قرآن را طبق قرائت مردم بخوانيد، به قرائت‌ عاصم‌