پيش‌باور قطعى نبايد داشته باشد و كاملًا بى‌طرفانه با مسائل مواجه شده و به حل آن‌ها بپردازد. يك پژوهش علمى با شك و ترديد در همه باورهاى گذشته شروع مى‌شود و در ادامه نيز براى انتقال به يقين از هيچ انديشه يا شخصيتى هرچند مهم و مقدس باشد، تقليد نمى‌شود. پژوهش يك فرايند عقلى تمام عيار است كه نقل در آن هيچ جايگاهى ندارد. آيت‌الله معرفت با توجه به اين اصل مهم چنين مى‌فرمايد:

تقليد در صحنه‌هاى علمى جايگاهى ندارد. چه در فقه و چه در علوم قرآنى ... اساساً به همه چيز با ديد شك بنگريد. چون تمام دستاوردهاى علمى والا، از شك و ترديد ايجاد شده است. اين شك است كه انسان‌ها را به سوى تحقيقات ارزشمند، سوق مى‌دهد. حتى از شبهات ديگران بايد استقبال كرد. چون بسيارى از مسائل مورد غفلت است، اما بعد از شبهه متوجه خلأها مى‌شويم.[١]

از عبارت اخير ايشان بر مى‌آيد كه نگاه وى به شبهه كاملًا پژوهش‌محور است. او شبهه را اعتراضى كه حتماً بايد رد و ابطال شود، نمى‌بيند؛ بلكه شبهه از نظر وى ممكن است در بخش‌هايى از آن كاملًا وارد و قابل قبول باشد و در واقع منتهى به اصلاح دانسته‌ها و باورهاى ما شود. نكته ديگر آنكه گاه براى حل يك پرسش به مطالعات فراوان و گذرسال‌هاى زيادى نياز است. در برخورد با پرسش‌هاى علمى نه فرار از آن‌ها درست است و نه برخورد غيرواقع‌بينانه. نه صورت مسأله را بايد از ذهن پاك كرد و نه در رسيدن به پاسخ بايد شتاب كرد. چه بسا پرسش‌هايى كه بايد سال‌هاى متمادى در ذهن پژوهشگرى آماده هضم و فهم شود و چه بسا پرسش‌هايى كه مطالعات چند نسل را بطلبد و سرانجام تراكم اين مطالعات ما را به پاسخ مورد نظر برساند. مطالعه سير تاريخى انديشه‌ها، نمونه‌هاى فراوانى از اين پرسش‌ها را نشان مى‌دهد كه پاسخ آن‌ها پس از سال‌هاى متمادى و گذر نسل‌هاى مختلف به‌دست آمده است. مسأله معاد جسمانى از نمونه‌هاى بارز آن است كه از باورهاى بسيار ساده‌انگارانه آغاز شد و تا نظريه ژرف بدن برزخى و مثالى‌

[١] . فصلنامه بيّنات، شماره ٤٤،( ويژه‌نامه نكوداشت آيت‌الله معرفت)، ص ٥١.