دورة سوم‌ از تفسير علمى كه موجب اوج‌گيرى و رشد فوق العاده آن گرديد، از زمانى شروع شد كه در قرن ١٨ ميلادى به بعد علوم تجربى در مغرب زمين رشد كرد، و كتاب‌هاى مختلف در زمينه علوم فيزيك، شيمى، پزشكى و كيهان‌شناسى به عربى ترجمه شد؛ اين دوره جديد، به‌ويژه در يك قرن اخير، كه در جهان اسلام، اثرات خود را در مصر و هندوستان بر جاى گذاشت، موجب شد تا دانشمندان مسلمان، در صدد انطباق قرآن با علوم تجربى برآيند. اين مسأله آن موقع أهميّت بيشترى يافت كه تعارض علم و دين در اروپا، اوج گرفت و كتاب مقدّس، به خاطر تعارضات آن با علوم جديد هر روز عقب‌نشينى تازه‌اى مى‌كرد و ميدان براى پيدايش افكار الحادى و ضد دينى باز مى‌شد، هجوم اين افكار به كشورهاى اسلامى و تفوّق صنعتى غرب، موجب جذب جوانان مسلمان به فرهنگ غربى مى‌گشت.

در اين ميان عدّه‌اى از دانشمندان مسلمان، از سر درد و براى دفاع از قرآن و با توجّه به سازگارى علم و دين در نظر اسلام، به ميدان آمدند تا نشان دهند كه آيات قرآن، نه تنها با علوم جديد در تعارض نيست، بلكه بر عكس، يافته‌هاى علمى، اعجاز علمى قرآن را اثبات مى‌كند؛ از اين رو، به استخدام علوم در فهم قرآن اقدام كردند و تفسيرهاى علمى نوشته شد؛ هرچند در اين ميان بعضى افراط كرده يا يكسره جذب فرهنگ غربى شدند و به تأويل و تفسير به رأى در آيات قرآن دست زدند[١]- و از آنجا كه مبانى تفسيرى اين روش بررسى كامل نشده بوده- دچار انحراف شدند يا عدّه‌اى از مغرضان آن‌ها، براى اثبات افكار انحرافى خود دست به تفسير علمى و تأويلات نابه‌جا زدند و همين مطلب موجب شد تا احساسات بعضى مسلمانان، برافروخته شود

[١] . آقاى راترود ويلانت، در مقاله تفسير قرآن در دوره جديد و معاصر، به نمونه‌هايى از اين موارد در تفسيرهاى سيد احمد خان هندى اشاره مى‌كند كه موجب تأويل و انكار معجزات مثل معراج قيامت و تفسير« جن» به افراد بدوى جنگل‌نشين شد.( دايره‌المعارف قرآن ليدن، همان) و نيز جن به ميكرب تفسير شد.( محمد عبده، تفسير عم جزء، ص ١٥٨)