طريقه ملا صدرا را، بر بطلان قول شيخ كه ممكن نيست موجود مجرد تام و تمام به جسمانيات تعلق بگيرد و هرچه كه به حسب اصل وجود و صميم ذات تجرد داشته باشد، عقل محض است همان برهان ملا صدرا را ذكر نموده است. از طرف ديگر گفته است حادث، محال است بقا داشته باشد و نفس اگر جسمانية الحدوث باشد، دايمى نخواهد بود. هر امر حادثى فاسد خواهد شد، بعد در بيان مختار خود گفته است: «نفوس ناطقه جزئيه پرتو شعاع نفس كلى‌اند كه به ابدان تعلق گرفته‌اند.» در حالتى كه در نحوه تعلق نفوس كليه به نحو تجلى و ظهور؛ اين اشكال پيش مى‌آيد كه آيا اين تعلق و ظهور و تدلى يا تجلى نفس كلى به ابدان به چه نحو تصور مى‌شود، اين مرد بزرگ مقدماتى را كه مختار صدر المتألهين بر آن توقف دارد ناديده گرفته است، لذا گرفتار لغزشهاى علمى شده است. [١]

همانطورى كه ذكر شد يكى از معاصران ميرزا محمد صادق شيخ عنايت الله گيلانى است كه كتابهاى شيخ رئيس را تدريس مى‌نموده و از مدرسان بزرگ به شمار مى‌رفته است. يكى از شاگردان دانشمند ملا محمد صادق همين ملا حمزه گيلانى است كه بنا بر نوشته‌اى در تذكره حزين لاهيجى در اواخر محاصره اصفهان به دست اشرار افاغنه در سال (١١٣٤ ه. ق) فوت كرده است.

ملا صدرا غير از اشخاص معروف «محقق لاهيجى (١٠٧١ ه. ق) و فيض كاشانى (١٠٠٧- ١٠٩١ ه. ق) و شيخ حسين تنكابنى (١١٠٤ ه. ق) و ملا محمد ايروانى و شاه ابو الولى شيرازى و قوام الدين احمد فرزند كوچك خود شاگردان‌

طلبگى ترتيب دادند شاه به جاى آن كه فنون جنگ بياموزد و از حال لشكر و اوضاع سياسى مملكت غافل نماند، به حفظ حديث جن و فاميل پرى پرداخت.

[١]بر اين رساله حكمت صادقيه يكى از شاگردان ملا حمزه به نام ملا محمد على بن محمد رضا مقدمه‌اى فاضلانه نوشته است. مولانا شيخنا الأقدم ملا محمد صادق و جميع احفاد شيخ زاهد گيلانى مرشد شيخ صفى الدين را از اصفهان نفى بلد كردند. در همان زمان مغفور له مجلسى دوم از عرفان به ... شجره زقّوم تعبير مى‌نمود. امپراطورى تشيّع را حكام ناقابل و عوامهاى شبيه علما به باد فنا دادند «و الدهر دهر و الزمان زمان».