شيخ محمد عبده، در تفسير، خود را تا اندازه‌اى از قيد تقليد رها ساخت و در بحث از آيات قرآنى به افكار متقدّمان، چندان توجّهى نداشت و خود آزادانه انديشيد، او مى‌گفت: مفسّران از غرض اصلى قرآن‌كه هدايت و ارشاد است، غفلت ورزيده و به مسائل ديگرى پرداخته‌اند.

او مى‌گفت: قرآن ميزانى است كه بايد ديگر عقايد بدان سنجيده شود و عقايد بايد از قرآن، استنباط شود نه اينكه قرآن از عقايد گوناگون تبعيّت كند.

«اريد أن يكون القرآن أصلا تحمل عليه المذاهب و الآراء فى الدين، لا أن تكون المذاهب أصلا و القرآن هو الذى يحمل عليها. و يرجع بالتأويل أو التحريف إليها كما جرى عليه المخذولون، و تاه فيه الضالون» ٥٠

شيخ محمد عبده، در تفسير سوره «الفيل» ذيل آيه: «وَ أَرْسَلَ عَلَيْهِمْ طَيْراً أَبابِيلَ» (فيل/ ٣)

در باب ارسال طير بر أبرهه و لشكر او، نوشته است:

اين‌كه برخى از مفسران مى‌گويند: بيمارى آبله و حصبه، در ميان لشكر شيوع يافت و آنان را از بين برد، درست نيست؛ زيرا آيه به طور صريح مى‌گويد: كه اين بيمارى از حجاره‌اى بروز كرده و اين طير هم از جنس پشه و يا مگسى بوده كه حامل ميكرب اين مرض بوده است و اين حجاره هم از جنس گل مسموم خشكيده‌اى بوده كه به پاى اين حيوانات بوده است و چون به بدن افراد لشكر رسيده، زخمها به وجود آورده و جسم آنان را از ميان برده و گوشت بدن آنان را ريزانده است.

و نيز درست نيست كه بگوييم: حجاره‌اى كه در اين سوره آمده، همان ميكرب است كه طبّ جديد، آن‌را كشف كرده و حال آن‌كه در وقت نزول قرآن، عرب از ميكرب آگاهى نداشته و عرب بيابانى قحّ خالص وقتى كه لفظ «حجارة» بشنود، ذهن او به ميكرب منتقل نمى‌شود و ما مى‌دانيم كه قرآن به لغت عرب نازل شده و آنان را مخاطب ساخته و با كلمات مألوف و مأنوس نزد آنان، سخن گفته است‌ ٥١.

شيخ محمد عبده ذيل آيه:

«إِنَّا أَرْسَلْناكَ بِالْحَقِّ بَشِيراً وَ نَذِيراً وَ لا تُسْئَلُ عَنْ أَصْحابِ الْجَحِيمِ.» (بقره/