بسيارى از مسائل نحوى با يكديگر اختلاف دارند و هريك مستقلا داراى آراء ويژه‌اى هستند. از قديم الايام به موارد اختلاف اين دو مكتب در مسائل فرعى اشاره شده است.

مثلا ابو البركات عبد الرحمن بن محمد الانبارى ١٢١ مورد اختلافى براى آنان برشمرده است. از جمله آن‌كه: مكتب نحو بصره، مصدر را اصل و فعل را مشتق از مصدر مى‌داند، در صورتى كه مكتب كوفه مصدر را مشتق از فعل مى‌داند.

مكتب بصره استدلال مى‌كند و مى‌گويد: اگر مصدر اصل نباشد و فعل اصل باشد و مصدر از فعل گرفته شده باشد، لازم مى‌آيد كه براى هرمصدرى فعلى باشد و حال آنكه مى‌بينيم كه در زبان عرب مصادرى وجود دارد كه از افعالى نيست مثل: رجوليّت، عبوديّت، نبوت و نيز مصادرى هست كه از الفاظ خود نيامده است (اسم مصدر) مانند:

كرامة، عطاء.

پس معلوم مى‌شود كه افعال، اصل مصادر نيستند؛ زيرا مصادرى بدون فعل وجود دارد و نتيجه آن‌كه: مصادر اصل هستند كه از برخى مصادر، فعل مشتق مى‌شود و از برخى، فعلى مشتق نمى‌شود.

در تقسيم فعل نيز ميان اين دو مكتب، اختلاف‌نظر وجود دارد. مكتب نحو بصره، فعل را به ماضى و مضارع و امر تقسيم كرده و حال آن‌كه فراء و به پيروى از او ديگر نحاة كوفه، فعل را به: ماضى و مضارع و دائم، تقسيم كرده و منظورشان از «دائم» فعل امر، نيست، بلكه از دائم منظورشان، اسم فاعل است كه «يعمل عمل الفعل» ١١.

ميان اين دو مكتب تفاوت‌هاى عمده و اساسى، فراوان وجود دارد كه در كتب ثبت و ضبط است. براى پيدايش اين دو مكتب در قرن دوم هجرى كه سرانجام به ظهور سيبويه و تدوين «الكتاب» منجر شد، نياز به مقدماتى داريم. اينك بيان مطلب:

يكى از ويژگى‌هاى زبان عربى اينست كه، درك معانى و مطالب در زبان عربى به اعراب كلمات، بستگى دارد يعنى اگر فتحه‌اى را كسره و يا ضمّه بخوانيم و يا بالعكس، بكلى معنى دگرگون مى‌شود و كمتر زبانى است كه باندازه عربى فهم معناى كلمات آن تا اين اندازه به اعراب بستگى داشته باشد. چنانچه اين مسأله در كلام اللّه باشد و اعراب كلمات نادرست اداء شود، دگرگونى عجيبى در معنى پديد مى‌آيد و بناى كفر و ايمان را بهم مى‌زند.