اما در دوره بعد، حالت اجتهادى تفسير به تفسير نقلى تبديل شد، يعنى نظريه‌هاى تفسيرى پيامبر با صحابه يا تابعان را نقل مى‌كردند، لذا اولين تفاسير مدون ما نقلى است، مثل‌ تفسير طبرى‌، كه در قرن سوم نوشته شده و از مهم‌ترين تفسيرها است، تفسير كلبى‌، مقاتل بن سليمان‌ و تفسير فراء. اين شيوه نقلى در تفسير تا مدتى رايج بود كه از تفاسير اهل‌سنت مى‌توان به‌ تفسير طبرى‌ و سيوطى‌ اشاره كرد و از شيعه به‌ تفسير عياشى‌ و تفسير على بن ابراهيم‌، كه در اين تفاسير متأسفانه فقط به نقل اعتماد شده است مانند تفسير عياشى‌ و على بن ابراهيم‌ كه هيچ نظر و اجتهادى در آن‌ها نيست.

بعدها، مفسرانى چون‌ فخر رازى‌ و ابومسلم اصفهانى‌ كه در تفسير خود به ارائه نظر و اجتهاد پرداختند، در زمان خودشان مورد اعتراض واقع شدند، اما پس از قرون پنجم و ششم تفسير اجتهادى جايگاه مناسب خودش را پيدا كرد و تفسير نقلى از رونق افتاده و به مجموعه احاديث مربوط به قرآن تبديل شد كه مفسر مانند يك منبع، به‌عنوان ابزار از آن‌ها استفاده مى‌كرد، يعنى ديگر تفسير نبودند؛ البته من‌ تفسير طبرى‌ را با همه معايبى كه دارد، تحسين مى‌كنم، چون مانند تفسير سيوطى‌ و تفسير نورالثقلين‌ صرف نقل نيست، ابتدا ايشان آيه را ذكر كرده و آن را تفسير مى‌كند، سپس در مورد يكى از عبارات آيه يا تعابير آن كه مورد نزاع است مى‌گويد: «فيه وجوه» و آن وقت قائلان به اين وجوه را ذكر مى‌كند و يك دسته‌بندى جالبى مى‌آورد و در نهايت اين اقوال را به چالش كشانده و صحت و سقم آن‌ها را بيان مى‌كند و سرانجام نظر خودش را به صورت گسترده و مفصل و عالى تبيين مى‌كند. لذا تفسير طبرى‌، تفسيرى نقلى توأم با اعمال نظر است و نشان مى‌دهد كه نويسنده خيلى مسلط است، در حالى كه‌ سيوطى‌ آيه‌اى را نقل مى‌كند و حديث مربوط به آن را مى‌آورد كه اين جور يا آن جور تعبير كرده‌اند، ولى نظر خودش را در خصوص آيه بيان نمى‌كند. در اين راستا تفسير فخر رازى‌ و تفسير ابوالفتوح رازى‌، تفاسير اجتهادى‌اند و آن رويه نقلى را تغيير داده‌اند.