فلسفى در حوزه‌هاى علميه شد. سيطره علمى و تفوق حكمى اسفار از زمان ملا على نورى يعنى از اواخر قرن دوازدهم نزديك دو قرن و نيم است ادامه دارد. يك دوره كامل تدريس اسفار حدود پانزده سال در حوزه‌هاى علميه به طول مى‌انجامد. اسفار بتدريج از اوائل قرن سيزدهم مدار تحقيقات علمى و پژوهشهاى فلسفى حكيمان متعاليه شد. تدقيقات فلاسفه به شكل حواشى و تعليقات كوتاه و بلند براساس اين كتاب مهمّ به رشته تحرير درآمده است. مهمترين حواشى و تعليقات اسفار كه از آغاز تا پايان دهه اول قرن چهاردهم نوشته شده است به ترتيب نسبى زمان نگارش عبارتند از:

١- حواشى آقا محمد بيدآبادى (متوفى ١١٩٧) اين حواشى مختصر نخستين حواشى شناخته شده اسفار است. آقا على مدرس در چندين موضع از تعليقاتش بر اسفار در ضمن نقل حواشى ملا على نورى به حواشى مرحوم بيدآبادى اشاره كرده و از او با تعابير «قدوة الحكماء البارعين السالكين» و «الوحيد الفريد» ياد كرده است. اين حواشى هنوز منتشر نشده است.

٢- حواشى ملا على نورى (متوفى ١٢٤٦) اين حواشى مختصر همراه با نخستين چاپ حروفى اسفار در تهران منتشر شده است. آقا على مدرس در تعليقاتش بر اسفار به حواشى ملا على نورى استناد كرده و از او با تعابير «استاد اساتيدنا العظام و شيخ مشايخنا الفخام» و «الحكيم المحقّق المدقق المتالّه البارع» و «قدوة المتألهين و رأس الحكماء الالهيين سمّى امام الموحدين المحقق النورى قدّس سرّه» ياد كرده است.

٣- حواشى ملا محمد اسماعيل بن سميع درب كوشكى واحد العين اصفهانى (متوفى حدود ١٢٤٣) بخشى از اين تعليقات ارزشمند همراه با نخستين چاپ حروفى اسفار در تهران منتشر شده است. آقا على مدرس در تعليقاتش بر اسفار همچون تعليقاتش بر شوارق به حواشى ملا اسماعيل نظر انتقادى دارد.

٤- حواشى ملا احمد بن محمد ابراهيم اردكانى شاگرد ملا مصطفى قمشه‌اى (مصطفى الحكماء). نسخه خطى اين حواشى در كتابخانه ملك تهران نگهدارى مى‌شود. آقا على مدرس بر اين حواشى مفصل تعليقه زده و آراء ملا احمد را به عنوان «الفاضل المحشّى» و «المحقق المحشى» مورد نقد قرار داده است. حواشى ملا احمد تاكنون منتشر نشده است.