مراد از منابع كتب و رسالاتى است كه آقا على مدرس در آثار خود به آنها استناد كرده يا به نحوى از انحاء آنها را مورد بحث قرار داده است. آثار آقا على علاوه بر اينكه شامل ابتكارات و آراء جديد است، حاوى استناد و اتكاء به آرا گذشتگان نيز مى‌باشد. در اين مجال به متفكرانى كه آراء آنها به نحوى از انحاء در آثار آقا على مطرح شده است مى‌پردازيم.

بى‌شك بيشترين كسى كه آرائش مورد استناد و بحث آقا على قرار گرفته صدر المتألهين شيرازى است. كتب مختلف ملا صدرا در درجه اول اسفار و در درجات بعدى المبدء و المعاد، تعليقات الهيات شفا، تعليقات شرح حكمة الاشراق، شرح الهداية الاثيرية، الشواهد الربوبية، اسرار الآيات، مفاتيح الغيب، المشاعر، رسالة الحشر، رسالة حدوث العالم مورد استناد و بحث قرار گرفته‌اند.

دومين حكيمى كه آرائش بيشتر از ديگران مورد استناد و بحث و نقد حكيم مؤسس قرار گرفته حاج ملا هادى سبزوارى به‌ويژه در تعليقات اسفار است. در درجه سوم مى‌بايد از والد مكرم آقا على، ملا عبد الله مدرس زنوزى ياد كرد. آقا على به تناسب آراء پدر فاضلش از لمعات الهيه و انوار جليه و حواشى اسفار و حواشى شوارق و غير آن غالبا براى تأييد و توضيح مورد استناد قرار داده است، و به صلابت علمى آراء پدر خود ايمان داشته است. در درجات بعدى آراء شيخ الرئيس ابن سينا و شيخ اشراق شهاب الدين سهروردى مورد استناد و بحث حكيم مؤسس واقع شده است. ديگر حكيمان مسلمان كه آراء آنها به تأييد يا نقد در آثار آقا على مدرس مورد بحث واقع شده عبارتند از: بهمنيار، قطب الدين شيرازى، قطب الدين رازى، فخر الدين رازى، خواجه نصير الدين طوسى، سيد مير شريف، عضد الدين ايجى، تفتازانى، سيد صدر الدين دشتكى، جلال الدين دوانى، ميرداماد، ملا عبد الرزاق فياض لاهيجى، قاضى سعيد و آقا جمال خوانسارى. از حكماى يونان آراء انباذقلس،

- ص ٢٧٢: «مرحوم زنوزى در [اعتبارات ماهيت‌] به تقسيمات جديدى رسيده و كشف كرده است.»

استاد سيد جلال الدين آشتيانى: «مطالب افضل المتأخرين آقا على حكيم در اين باب [بساطت وجود] از هر جهت نظير ندارد و محققانه وارد بحث شده است، شكّر الله سعيد و قدّس الله نفسه». مقدمه شرح رساله شاعر ملا محمد جعفر لاهيجى، ص ١٢٣.