لازم به ذكر است كه مجموع آثار بجامانده از آقا على مدرس (اعم از نسخ اصل و غير آن) بيست و هشت اثر كوتاه و بلند است، كه دو اثر آن تقرير دروس و مناظرات معظم له است، ما در مقدمه هر جلد به نحوه انتساب هر اثر به حكيم مؤسس اشاره خواهيم كرد. در ضمن اين ٢٨ اثر دو مورد را وارد نكرديم: يكى تعليقات شرح باب حادى عشر (نسخه خطى شماره ١٧٠٠ كتابخانه مجلس بهارستان) به فارسى و عربى و با امضاى «مدرس».

شلوغى نسخه، خط و شيوه نگارش و مهمتر از همه سطح مطالب حكايت از آن دارد كه در صورت صحّت انتساب اثر به حكيم مؤسس، متعلق به دوره «نوجوانى» آقا على است [١]، لذا از درج آن در مجموعه مصنفات خوددارى كرديم. ديگرى نيز چند ذكر و منطر مختصر به نقل از استاد آقا على مدرس از ميرزا مجيد به نقل از كتاب سيد حسين اخلاطى (نسخه خطى شماره ٦٢٩ كتابخانه مجلس بهارستان) كه به دليل اينكه از منقولات از ديگران است نه از مصنفات و تأليفات آقا على، از نقل آن صرف‌نظر كرديم. [٢]

٥. آثار مفقوده آقا على‌

در تفحص از آثار حكيم مؤسس با سه عنوان مقطوع الاستناد و مفقود الاثر برخورده‌ايم:

١- «رساله در اينكه منطق از علوم حكميه است» نام اين رساله در رساله خود نوشت سرگذشت آمده، حجم اين رساله نيز در همانجا «تخمينا سه هزار بيت» ذكر شده است (يعنى دو برابر رساله سبيل الرشاد و سه هشتم كتاب بدايع الحكم). از اين رساله حجيم و ارزشمند منطقى حكمى هيچ عين و اثرى بدست نياورده‌ام.

[١]. «برهامش بسيارى از صفحات، حاشيه‌هايى از حكيم مزبور به امضاى مدرس موجود است. تعليقاتى نيز بدون امضا است. بيشتر اين تعليقات فارسى است و زير آنها نوشته شده: سمع يا كذا سمع من استادى رحمه الله تعالى. به نظر نگارنده اين تعليقات نيز از حكيم مزبور است و از اين نظر نسخه‌اى نفيس به شمار مى‌رود ...» عبد الحسين حائرى، فهرست كتابخانه مجلس شوراى ملى، تهران، ١٣٤٥ ش، جلد پنجم ص ٣١- ٣٢. واضح است كه نفاست نسخه حيثيت‌هاى متفاوتى دارد.

[٢]. توصيف اين نسخه در جلد ٢٢ ص ٣٣٢ فهرست نسخ خطى كتابخانه مجلس آمده است.