ملا اسماعيل تعليقاتى بر حواشى آقا جمال خوانسارى نگاشته و در آن آراء آقا جمال را مورد بحث و انتقاد قرار داده است. اين تعليقات از جمله قوى‌ترين آثار ملا اسماعيل به حساب مى‌آيد.

٤- تعليقات المشاعر [١]

٥- تعليقات الاسفار [٢]

آثار ملا اسماعيل اصفهانى مورد توجه حكيمان پس از وى برده است. او به دقت نظر و ژرف‌انديشى مشهور است.

٢- ملا عبد الله مدرس زنوزى (متوفى ١٢٥٧) وى پسر بير مقلى ملقب به بابا خان متولد زنوز از توابع مرند آذربايجان است. بعد از تحصيل ادبيات در خوى، فقه و اصول در كربلا، قم و اصفهان نزد سيد على طباطبايى صاحب رياض و ميرزاى قمى صاحب قوانين و سيد محمد مجاهد صاحب مناهل و سيد محمد باقر شفتى معروف به حجة الاسلام، براى تحصيل فلسفه به محضر ملا على نورى در اصفهان مشرف شد. بانى مدرسه خان مروى از فتحعلى شاه قاجار درخواست كرد ملا على نورى را براى تدريس در آن مدرسه به تهران دعوت كند. ملا على نورى نپذيرفت و يكى از افاضل شاگردانش يعنى ملا عبد الله مدرس زنوزى را روانه تهران كرد. حوزه عقلى تهران از سال ١٢٣٧ با محوريت ملا عبد الله آغاز مى‌شود. وى بيست سال در مدرسه مروى تهران تدريس كرد. [٣] ملا عبد الله به درخواست فتحعلى شاه آثار ارزنده‌اى به زبان فارسى تأليف كرد كه از مهمترين كتب حكمت متعاليه و آثار فلسفى در زبان فارسى به شمار مى‌روند. مؤلفات وى عبارتند از:

١- لمعات الهيه، مشتمل بر مسائل الهيات بالمعنى الاخص، اثبات مبدء وجود، صفات كماليه او كيفيت صدور كثرت از واحد حقيقى، مسائل علم الهى و ديگر مسائل ربوبيه در بيست فصل. تاريخ نگارش كتاب ربيع الاول ١٢٤٠. [٤] آقا على مدرس طهرانى بر كتاب والد خود حاشيه زده است، بعلاوه در بدايع الحكم فراوان از مطالب لمعات الهيه استفاده كرده است.

[١]. تعليقات مشاعر ملا اسماعيل در حاشيه مشاعر چاپ سنگى (تهران، ١٣١٥) چاپ شده است.

[٢]. بخشى از اين تعليقات ارزشمند در حاشيه نخستين چاپ حروفى اسفار ٩ جلدى منتشر شده است. (قم، ١٣٨٧).

[٣]. رساله سرگذشت به قلم آقا على مدرس طهرانى، جلد سوّم مجموعه مصنفات.

[٤]. لمعات الهيه با تصحيح و مقدّمه استاد سيد جلال الدين آشتيانى منتشر شده است (مشهد ١٣٥٤، چاپ دوّم تهران، ١٣٦١ ش).