آقا على در اوان كودكى يعنى در سه سالگى (١٢٣٧) به همراه پدر عالم خود به تهران مهاجرت كرد. مقدمات علوم را از جمله ادبيات عرب، منطق، شرح تجريد قوشچى و معالم الاصول را در حوزه تهران فرا گرفت و سپس توفيق تشرف به محضر منقول و معقول پدرش را يافت: در منقول شرح لمعه و قوانين و در معقول شوارق الالهام فياض لاهيجى، شرح اشارات خواجه نصير الدين طوسى و مبدء و معاد ملاصدرا [١]. اين استفاده تا پايان عمر پدرش- ١٢٥٧- كه آقا على ٢٣ ساله بود، ادامه يافت. وى پس از مرگ پدر براى تحصيل و تكميل منقول به عتبات عاليات مشرف شد [٢]. از چند و چون اين سفر علمى اطلاعى در دست نيست، اما ظاهرا طولانى نبوده است. سپس سه سال در حوزه اصفهان در محضر اساتيد آن حوزه به تكميل معقول پرداخت [٣]. آقا على در محضر ميرزا حسن نورى اسفار ملاصدرا، شفاى ابن سينا و مفاتيح الغيب ملاصدرا را تلمذ كرده است [٤].

آقا على در حوزه اصفهان علاوه بر ميرزا حسن، از محضر سيد رضى لاريجانى (متوفى ١٢٧٠)، ملا محمد جعفر لاهيجى لنگرودى، حاج محمد ابراهيم نقشه فروش نيز استفاده كرد [٥]. آقا على سپس براى استفاده از محضر ملا آقا قزوينى (متوفى ١٢٨٢) به قزوين رفت. وى ملا آقا را بحرى موّاج و بى‌كران تعبير مى‌كند [٦]، اما به طول اين تحصيل در قزوين اشاره نكرده است. «معروف است كه آقا على مدرس كرارا فرموده‌اند: من در بين اساتيد بزرگ كمتر كسى را سراغ ندارم كه تسلط كامل به مبانى آخوند داشته باشد، ايشان ملا آقا را در اين جهت بر ديگران ترجيح مى‌دادند». [٧] در آثار آقا على از ملا آقا به صراحت مطلبى نقل نشده است، اما به احتمال قوى مواردى را كه آقا على به استاد (بدون ذكر نام) استناد كرده بويژه در تعليقات اسفار، مراد ملا آقا قزوينى است. وى سپس به اصفهان مراجعت كرد و در

(١ و ٢ و ٣). رساله سرگذشت، جلد سوم مجموعه مصنفات حكيم مؤسس.

[٤]. كنت دوگوبينو، مذاهب و فلسفه در آسياى مركزى، فصل چهارم.

[٥]. رساله تاريخ حكماء، جلد سوم مجموعه مصنفات حكيم مؤسس.

[٦]. رساله سرگذشت، پيشين.

[٧]. آشتيانى، مقدمه المسائل القدسيه ملاصدرا، صفحه ٣.