‌‌ موضوع منطق ـ آنچنانكه قبلا گفته شد ـ معقولات ثانيه است و آشكار است كه ذات آنها از امور محسوس نيست هر چند متعلَّقات آنها مى‌توانند امور محسوس باشند مثلا تصوّرى به امر محسوسى تعلق بگيرد مانند تصور زيد، يا تصديقى به امور محسوس تعلق بگيرد مانند قضاياى محسوسه. پس بحث از ذات موضوع منطق بحثى است از امرى كه تعلقى به ماده و جسمانيات ندارد و نمى‌توان اين بحث را داخل در علوم طبيعى و يا رياضى دانست.

فبيِّنٌ أَنَّ هذه كلَّها تقعُ فىِ العلمِ الَّذى يتعاطى مالا يتعلَّقُ قِوامُه بِالمحسوساتِ، و لا يجوزُ أَنْ يوضعَ لَها موضوعٌ مشتركٌ تكونُ هى كلُّها حالاتِه و عوارضَه إلاّ الموجودُ فَإنَّ بعضَها جواهرُ، وبعضَها كمّياتٌ، و بعضَها مقولاتٌ أُخرى; و ليسَ يُمكنُ أَنْ يعمَّهما معنىً محقَّقٌ إلاّ حقيقةُ معنى الوجود

[١] صدرالمتألهين مى‌فرمايد: بهتر بود كه شيخ اين جمله را قبل از جمله «ثمّ البحثُ من حال الجوهر...، مى‌آورد [تعليقات، ص ٩].

‌‌ ولى مرحوم خوانسارى سخن ايشان را بطور مفصل نقد و بررسى كرده است [الحاشية، صص ٥١ تا ٥٣].

‌‌ در اينجا شهيد مطهرى مفصلا بحث كرده‌اند كه ملاصدرا تصور مى‌كرده كه از اول فصل دوم تا جمله «ثم البحث عن حال الجوهر...» يك منهج براى اثبات موضوع فلسفه اولى بوده و از اين جمله به بعد منهج دوم تقرير مى‌شود و لذا ايشان جمله «فامّا موضوع المنطق...» را مرتبط با منهج نخست مى‌داند و بهتر مى‌داند كه قبل از جمله «ثم البحث عن جال الجوهر...» آورده مى‌شد. حال آنكه طبق نظر شهيد مطهرى از اول فصل دوم تا آخر پاراگراف بعدى يعنى جمله «و ليس يُمكن أَن يعمّها معنىً محقَّقٌ إِلاّ حقيقةُ معنى الوجودِ» يك منهج بيشتر نيست و منهج دوم از «و كذلك قد يوجد...» شروع مى‌شود. ر.ك: آثار شهيد مطهرى، [ج ٧، صص ٢٤٩ ـ ٢٤٨ و ص ٢٥١].

[٢] بعضى از شارحين و محشين، اين جمله را چنين تفسير كرده‌اند كه چون موضوع منطق ذاتاً امرى غير محسوس است زيرا معقولات با محسوسات مبانيت دارند پس بحث از وجود معقولات بطريق اولى بحثى است از امر غير متعلق به ماده [بنگريد: ملا اولياء، الهيات چاپ تهران، حاشيه ص ٢٤٧ ـ نراقى، شرح الهيات، ص ٥٩]. توضيح اينكه امرى مثل مقدار كه ذاتاً متعلق به ماده است، وقتى بحث از وجود و نحوه وجودش بحثى الهى است نه طبيعى; پس بحث از وجود معقولات ثانيه كه خودشان ذاتاً مباين با محسوسات هستند، بطريق اولى بحثى خواهد بود الهى نه طبيعى. ‌‌