مردمسالارى دينى در برخى موضوعات و حوزه‌هاى محتمل زير ممكن است با چالش و خطر روبه‌رو شود و به عبارتى آفتها و خطرهايى در كمين آن هستند كه اين آفات و مخاطره‌ها در الگوى دين‌سالارى مهدوى جايى نخواهد داشت. برخى از اين خطرها؛ آفتها و چالش‌ها عبارت‌اند از:

* عدم تنوير لازم ماهيت و مبانى مردمسالارى دينى.

* امكان صورى شدن اصل برابرى و اصل تفكيك قوا.

* عدم رفع ايرادات وارده بر رژيم نمايندگى.

* تعارض‌يابى روشهاى وصول به مردمسالارى دينى با مبانى آن.

* عدم تبيين دقيق حقوق متعامل دولت و مردم.

* حاكميت يافتن مردمسالارى نخبه‌گرا و ايجاد مانع بر سر مشاركت واقعى مردم.

* تحقق اليگارشى آهنين به واسطه احزاب و تبديل احزاب به بنگاه‌هاى تجارى و ماشين‌هاى جمع‌آورى رأى در زمان انتخابات.

* كم‌رنگ شدن و تضعيف نقش اپوزيسيون قانونى.

* ضعيف، محدود، بى‌محتوا و صورى شدن مشاركت سياسى.