مسلمین که از قرن دوم هجری و بلکه اندکی هم در قرن اول هجری به نقل علوم‌ خارجی به زبان عربی پرداختند به مقیاس زیادی از آثار اسکندرانی استفاده‌ کردند ، تفصیل آنرا از کتب مربوط میتوان به دست آورد . ثانیا دانشگاه جندی شاپور که بیشتر یک مرکز پزشکی بوده کوچکترین آسیبی‌ از ناحیه اعراب فاتح ندید و به حیات خود تا قرن سوم و چهارم هجری ادامه‌ داد ، پس از آنکه حوزه عظیم بغداد تاسیس شد دانشگاه جندی شاپور تحت‌ الشعاع واقع گشت و تدریجا از بین رفت ، خلفای عباسی پیش از آنکه بغداد دارالعلم بشود ، از وجود منجمین و پزشکان همین جندی شاپور در دربار خود استفاده میکردند ، ابن ماسویه‌ها و بختیشوع‌ها در قرن دوم و سوم هجری فارغ‌ التحصیل همین دانشگاه بودند . پس ادعای اینکه دانشگاه جندی شاپور بدست‌ اعراب فاتح از میان رفت از کمال بی اطلاعی است . ثالثا دانشگاه جندی شاپور را علمای مسیحی که از لحاظ مذهب و نژاد به‌ حوزه روم ( انطاکیه ) وابستگی داشتند اداره میکردند ، روح این دانشگاه‌ مسیحی رومی بود نه زردشتی ایرانی ، البته این دانشگاه از نظر جغرافیایی و از نظر سیاسی و مدنی جزء ایران و وابسته به ایران بود ولی روحی که این‌ دانشگاه را به وجود آورده بود روح دیگری بود که از وابستگی اولیاء این‌ دانشگاه به حوزه‌های غیر زردشتی و خارج از ایران سرچشمه می‌گرفت ، همچنانکه برخی مراکز علمی دیگر در ماوراء النهر بوده که تحت تاثیر و نفوذ بودائیان ایجاد شده بود . البته روح ملت ایران یک روح علمی بوده‌ است . ولی رژیم موبدی حاکم بر ایران در دوره ساسانی ، رژیمی ضد علمی‌ بوده و تا هر جا که این روح حاکم بوده مانع رشد علوم بوده است . به همین‌ دلیل در جنوب غربی و شمال شرقی ایران که از نفوذ روح مذهبی موبدی به دور بوده ، مدرسه و انواع علوم وجود داشته است و در سایر جاها که این روح‌ حاکم بوده درخت علم رشدی نداشته است .