«جرى و تطبيق» قرار مى‌گيرد و اين در حقيقت پى‌بردن به «بطن» قرآن است كه در مقام جرى و تطبيق، بر فرد اكمل يا اهم انطباق داده مى‌شود. از اين‌رو احتمال هرگونه تفسير به رأى، موضوعاً منتفى است.

با آنكه استاد معرفت در آثار دوره پايانى عمر با بركت خويش، با نگاه مثبت و همدلانه به بررسى تفاسير عرفانى مى‌نگرد، اما از نقد عالمانه آن‌ها خوددارى نمى‌كند. يكى از انتقادات ايشان به ناهمگونى‌هايى است كه در تفاسير اهل عرفان به چشم مى‌خورد. اين ناهمگونى، ناشى از عدم تقيد و پايبندى طرفداران اين شيوه تفسيرى به اصول ادبى و قواعد لغوى است. شايد دليل اين امر اين باشد كه آنان براى علوم رسمى در برابر علوم حقيقى كه آن‌ها را محصول مكاشفه مى‌دانند، ارزش چندانى قائل نيستند و بيشتر بر ذوقيات و ذهنيات خود تكيه مى‌كنند تا اصول ادب و قواعد لغت؛ در صورتى كه انديشمندان براى فهم معانى قرآن و مقاصد وحى، رعايت آن‌ها را ضرورى مى‌دانند. عدم رعايت اصول ادب و قواعد لغت، و تكيه بر ذوقيات و ذهنيات، موجب شده است كه اهل عرفان- و مشخصاً قشيرى‌ در تفسير بسمله- از يك آيه، تفاسير گوناگونى به‌دست دهند. لذا به نظر استاد معرفت، يكى از شاخصه‌هاى تفاسير عرفانى، ناهماهنگى در تفسير و تأويل آيات قرآنى است. اساساً مكتبى كه بر پايه ذوق استوار است، نمى‌تواند روشى يكسان در فهم قرآن داشته باشد؛ زيرا ذوق، امرى شخصى و تابع سليقه و هويت شخص است و نمى‌تواند با ذوق و سليقه شخص ديگر برابر باشد. به اين دليل، گونه‌اى بى‌مبنايى بر سراسر تفاسير اهل عرفان حاكم است. در برخى از تفاسير عرفانى، تأويل باطنى، پس از تفسير ظاهرى و جداى از آن آمده است؛ مانند تفسير كشف الاسرار ميبدى‌، و در برخى، تفسير و تأويل به هم آميخته شده يا صرفاً به تأويل پرداخته شده است؛ مانند: حقايق التفسير سلمى‌ و لطائف الاشارات قشيرى‌. همچنين برخى از مفسران تفاسير عرفانى، ملايم و آرام، و بعضى تند و گستاخ در وادى تفسير عرفانى قدم نهاده‌اند.