دانشنامه اميرالمؤمنين بر پايه قرآن، حديث و تاريخ - محمدی ریشهری، محمد - الصفحة ٩١ - ٧/ ٥ شهادت محمد بن ابى بكر
دوهزار نفر براى رويارويى با عمرو عاص فرستاده بود. اين سبب شد كه ياران محمّد بن ابى بكر، امير خود را تنها گذاشتند، او هم به چنگ دشمن افتاد. از سوى ديگر، يارىخواهى امام ٧ از مردم كوفه براى پشتيبانى محمّد، بىفايده بود. كار به آنجا كشيد كه معاوية بن خديج، محمّد بن ابى بكر را داخل پوست الاغ مُرده بگذارد و آتش بزند، در حالى كه تشنه بود. در برخى نقلها آمده است كه او را زنده زنده سوزاند.
شهادت محمّد بن ابى بكر، امام ٧ را بسيار اندوهگين ساخت و به سختترين وجه، بر آنچه بر سر عزيز از دست رفتهاش آمد، ناليد. وقتى علّت اين ناله و بىتابى شديد را پرسيدند، فرمود: «خدا محمّد را رحمت كند! جوان نورسى بود. به خدا سوگند، دوست داشتم كه هاشم مرقال را بر مصر بگمارم، بىآن كه از محمّد بن ابى بكر نكوهشى كنم. او كوشيد و به تكليف خود عمل كرد».
حضرت پيوسته در مناسبتهاى مختلف از محمّد ياد مىكرد و او را مىستود و مىفرمود: «برايم دوست داشتنى بود. تربيت شده من بود. در مرگ او از خداوند اجر مىطلبيم. فرزندى خيرخواه، كارگزارى سختكوش، شمشيرى بُرنده و ستونى