رضا قمشه‌اى بطور متفرقة حواشى نوشته است. حواشى او محققانه و عميق و مملو از تحقيقات عرفانى و فلسفى است. مرحوم آقا على حكيم بر قسمتهاى مختلف از مشكلات و عويصات شواهد تعليقات محققانه نوشته است كه در استوارى و دقت و جمع بين تحقيق و تدقيق و از حيث جذابى و سلاست نظير الشواهد الربوبية است و بر حواشى سبزوارى ترجيح دارد. حواشى حاج ملا هادى چون يكنواخت است و بر جميع مطالب كتاب نوشته شده و مطالب را منظم و مرتب در سلك تحرير درآورده است، ترجيح داديم كه حواشى او را با اين كتاب به طبع برسانيم. حواشى و تعليقات آقا على و آقا محمد رضا را مستقلا منتشر مى‌نمائيم و فعلا از جهاتى امكان انتشار اين دو حواشى با تعليقات سبزوارى ميسر نمى‌باشد.» [١] ايشان در پاورقى اين مطلب ادامه داده‌اند: «اصولا مطالبى كه از آقا على مدرس باقى مانده است نفيس‌تر از آثار معاصران اوست مگر در عرفانيات كه آقا محمد رضا و آقا ميرزا هاشم بر او ترجيح دارند، ولى در فلسفه ملا صدرا شايد بى‌نظير باشد و در برخى از تحقيقات مطالب بى‌سابقه‌يى دارد. در تعليقات مباحث نفس اسفار و شواهد پاره‌اى از دقائق نفيس در پيرامون تحقيقات آخوند بيان فرموده است.» [٢]

استاد آشتيانى در كتاب ديگرشان مقدمه رسائل حكيم سبزوارى (چاپ اول) در ضمن بحث از تعليقات شواهد حكيم سبزوارى نوشته است: «آقا على حكيم متوفى ١٣٠٧، بر اسفار و شواهد حواشى نوشته است، حواشى او بر سفر نفس اسفار مفصل‌تر و بر قسمتهاى ديگر از اسفار مختصر مى‌باشد، به اين معنى كه به موارد مخصوصى تعليقه نوشته است. تعليقات آقا على متضمن تحقيقات عاليه و مشتمل بر افكار تازه و دقيق است و اين خود در بين متأخرين از ارباب تحقيق اختصاص به شخص آقا على مدرس دارد. به عقيده نگارنده آقا على در مباحث فلسفى از حكيم سبزوارى دقيق‌تر و محقق‌تر و از حيث احاطه به مبانى حكمى وسيع‌تر و متبحرتر و از حيث استقامت فكر وجودت نظر وحدت ذهن كم‌نظير است. آقا على روى خضوع و ملايمت ذاتى كه داشته تمام افكار معاصران خود را مطالعه مى‌كرده است و خيلى بيشتر از حكيم سبزوارى به حوزه‌هاى تدريس حاضر

(١ و ٢). مقدمه الشواهد الربوبية.