معاد مغتنم دانستيم. «رسالة فى الوجود الرابط» و «رسالة فى مباحث الحمل» دو رساله ديگر فلسفى حكيم مؤسس را در دنبال آورديم. فارغ از اين چهار رساله فلسفى عربى، دو تعليقه بلند «فى العلّة و المعلول» و «فى طريقة الصديقين» را در ضمن جلد اوّل و در قالب تعليقه ذكر كرديم، چرا كه نه در بيان آقا على و نه در كلمات شاگردانش عنوان رساله را نيافته بودند، اگرچه چنين صلاحيتى را داشتند. تعليقه «فى ان النفس كل القوى» نيز كوتاه‌تر از آن بود كه نام رساله بخود بگيرد. رسائل باقيمانده حكيم مؤسّس در فلسفه (كه يا به زبان فارسى است، يا حداقل بخشى از آن فارسى است) به لحاظ اعتبار استناد در سطح رسائل اربعه عربى نيستند، لذا ترجيح داديم جلد دوم مجموعه مصنفات را با دو رساله اول كه به لحاظ كثرت نسخ خطى در ميان آثار حكيم مؤسس بى‌مانند هستند، همراه با دو رساله اخير كه پس از بدايع الحكم و تعليقات الاسفار از مهمترين آثار مدرس طهرانى به حساب مى‌آيند، آغاز كنيم.

تمامى تعليقات آقا على بر كتب فلسفى در اين مجلد گردآورى شده است. شرح اسرار الآيات ملا صدرا از مقدمه فراتر نرفته و تقريظ مفاتيح الغيب نيز در عداد اين تعليقات قرار نمى‌گيرند. اين تعليقات فلسفى را به چهار صنف تقسيم كرديم. صنف اوّل به تعليقات آثار صدر المتألهين اختصاص يافت، در صنف دوّم تعليقات آثار فياض لاهيجى آمده است.

تعليقات شوارق الالهام مفصل‌ترين اثر اين جلد در اين صنف قرار دارد. در صنف سوّم تعليقات آثار والد مكرم آقا على، مدرس زنوزى گرد آمده، تعليقات لمعات الهيه تنها اثر فارسى اين مجلد است. و بالاخره صنف چهارم به دو تعليقه مختصر آقا على اختصاص يافته است. به استثناى تعليقات الشواهد الربوبية و تعليقات شوارق الالهام، نسخه اصل ديگر تعليقات به خط حكيم مؤسس در دست است و اين نكته به اعتبار آثار اين مجلد مى‌افزايد. در دنبال، مشخصات و محتواى هر يك از چهارده اثر اين مجلد را به تفكيك مورد بررسى قرار مى‌دهيم:

١. رسالة فى التوحيد

ديگر عناوين ديگر اين رساله عبارتند از «رسالة فى مسئلة التوحيد»، «الرسالة التوحيدية» و «رسالة توحيدية». از اين رساله شش نسخه خطى به شرح ذيل شناسايى كرده‌ايم: