خرّجت مدرسة الامام طوال عقود طويلة ثلّة من المحققين والمجتهدين البارزين الذين وصل البعض منهم إلى سدّة الزعامة الدينية والمرجعية الفقهية وهم يمارسون أعمالهم بين مرجع وباحث ومدرّس للدرسات العليا ومنظّر ومسؤول في مرافق الدولة كمجلس خبراء القيادة ومجلس صيانة الدستور الذين يضمّان خيرة تلامذته المجتهدين ، ويأتي على رأس هؤلاء سماحة آية اللّه‌ العظمى السيد علي الخامنئي دام ظلّه قائداً وزعيماً ، وهو ثمرة طيبة من ثمرات تلك المدرسة العتيدة وغصناً من أغصان تلك الشجرة المباركة التي غرسها الإمام الراحل بيديه المباركتين فهي تؤتي أكلها كلّ حين بإذن ربّها . . وما كان للّه‌ ينمو . . ونشير فيما يلي إلى قائمة تضمّ أبرز تلامذته والمتخرّجين على يديه :

١ ـ السيد علي الخامنئي .

٢ ـ الشيخ محمد الفاضل اللنكراني

٣ ـ الشيخ حسين النوري

٤ ـ الشيخ يوسف الصانعي

٥ ـ الشيخ محمد علي الگرامي

٦ ـ الشيخ علي المشكيني

٧ ـ الشيخ الشهيد مرتضى المطهري

٨ ـ الشهيد السيد مصطفى الخميني

٩ ـ الشيخ حسين علي المنتظري

١٠ ـ الشيخ عبد اللّه‌ جوادي الآملي

١١ ـ الشهيد السيد محمد البهشتي

١٢ ـ الشيخ الشهيد محمد مفتح

١٣ ـ الشيخ أحمد جنتي

١٤ ـ الشيخ علي اكبر هاشمي رفسنجاني

١٥ ـ الشيخ الشهيد فضل اللّه‌ المحلاتي