مذهب شيعه اماميه اثنى‌عشريه تا پيش از صفويه در ايران غير رسمى بود و مذهب اقليت به شمار مى‌رفت. كوشش سلاطين آل بويه كه در قرن چهارم هجرى بر بعضى از ولايات ايران فرمانروايى داشتند و معتقد به مذهب شيعه اماميه بودند و در رسمى ساختن آن مذهب به علت مخالفت خلفاى بغداد كه نفوذ دينى و سياسى بسيار در ايران داشتند به جايى نرسيد. بعد از سقوط خلافت بغداد به دست هلاكوى مغول در ٦٥٦ هجرى، يكى از ايلخانان مغول به نام سلطان محمد خدابنده موقتا مذهب شيعه اماميه را پذيرفت و در سكه و خطبه نام ائمه شيعه را نقش و ذكر نمود، ولى باز رسمى شدن آن مذهب عقيم ماند. ليكن شيعه در پرده دامنه نفوذ خود را بين مردم شهرهاى ايران هر روز گسترده‌تر مى‌ساخت تا اين كه خانواده‌اى شيعى مذهب به نام سربداران در اواسط قرن هشتم هجرى توانست كه حكومتى اثنى عشرى در شهر سبزوار كه اكثر مردم آن شيعه بودند تأسيس نمايند و نيز سادات مرعشى حكومت شيعى در مازندران تشكيل دادند.

جهانشاه از شاهان قراقويونلو كه در قرن نهم هجرى در آذربايجان حكومت مى‌كردند به شيعه بودن خود افتخار مى‌نمود. پيش از ظهور صفويه بعضى از شهرهاى ايران چون قم و كاشان و سبزوار معروف به شهرهاى شيعه‌نشين بودند و اكثر مردم آنها به آن مذهب اعتقاد داشتند. شاه اسماعيل صفوى كه به دست عدّه‌اى از صوفيان قزلباش كه مذهب شيعه داشتند روى كار آمده بود و در سال نهصد و هفت هجرى بر تخت سلطنت ايران جلوس كرد و على‌رغم سلطان سليم پادشاه نيرومند عثمانى كه به بهانۀ ادعاى خلافت اسلام قصد حكومت بر مسلمانان ايران و بلعيدن اين كشور را داشت، از همان آغاز پادشاهى رسميت مذهب شيعه را به جاى طريق سنت و جماعت اعلام نمود و اعلاى لواى اين مذهب را سياست دولت خود قرار داد و گفتن «اشهد ان عليا ولى اللّه» و «حى على خير العمل» را در اذان و اقامه عملى ساخت. اكثر سنيان ايران كه از بيم شمشير شاه اسماعيل چاره‌اى جز تسليم نداشتند طوعا يا كرها آن مذهب را پذيرفتند و در اندك مدتى مذهب شيعه اثنى عشرى بيشتر ولايات ايران را فرا گرفت و از آن زمان تا كنون كه قريب پانصد سال مى‌گذرد شيعه جعفرى اثنى عشرى مذهب رسمى دولت و ملّت ايران است. صفويه پس از رسميت دادن مذهب شيعه اثنى عشرى براى اين كه معارف جديدى جانشين معارف قديم سنّى كرده باشند در صدد برآمدند كه فقهايى را از جبل لبنان كه در آن روزگار مهد معارف شيعه بود و يا از احساء و بحرين كه در ساحل غربى خليج