پس از وى فرزندش حاج محمد خان قاجار (١٢٦٣-١٣٢٤ ه‌) رئيس فرقه شيخيه كرمان شد و او را از علماى بزرگ آن طايفه دانند و عدد كتب و رسالاتى كه نوشته به دويست و پنجاه جلد كتاب مى‌رسد.

پسر بزرگ حاج محمد كريم خان، حاج رحيم خان بود كه پس از پدرش دعوى جانشينى او كرد و طرفدارانى هم داشت و با دو برادرش كه كوچكتر از او بودند به نام حاج محمد خان و حاج زين العابدين خان كه يكى پس از ديگرى جانشين حاج محمد كريمخان شدند منافسه داشت.

حاج محمد رحيم خان براى پدر جز علم فقاهت و تقوى مسندى ديگر قايل نبود و شخصا با متصوفه و بالاسريهاى كرمان سازش داشت، از اين جهت مورد توجه شيخيه قرار نگرفت.

پس از حاج محمد كريم خان پسرش حاج زين العابدين (١٢٦٠-١٢٧٦ ه‌) و سپس ابو القاسم خان ابراهيمى (١٣١٤- ١٣٩٠ ه‌) و پس از او حاج عبد الرضا خان جانشين پدر شد كه در سال اول انقلاب ايران ترور شد و در گذشت (١٣٥٨ شمسى) .

شيخيه كرمان را بنا به انتساب به مؤسس آن حاج محمد كريم خان، كريمخانيه گفتند و رئيس اين فرقه را سركار آقا خطاب مى‌كنند. پس از حاج محمد كريم خان شيخيه بر چند فرقه شدند: يكى «باقريه» پيروان محمد باقر خندق‌آبادى كه نخست نماينده حاج محمد كريم خان در همدان بود سپس دعوى استقلال كرد، اين شخص بعدها معروف به ميرزا محمد همدانى شد و او همانست كه جنگ بين شيخى و بالاسرى را در همدان براه انداخت.

ميرزا محمد باقر داراى تأليفات بسيارى است. وى از كرمان با ميرزا ابو تراب از مجتهدان شيخيه از طايفه نفيسيهاى كرمان و عده‌اى ديگر مهاجرت كردند و در نائين و اصفهان و جندق و بيابانك و همدان طرفدارانى يافتند و سرانجام فرقه شيخيه «باقريه» را در همدان تشكيل دادند.

شيخيه آذربايجان پيرو حاج ميرزا شفيع ثقة الاسلام تبريزى (در گذشته در ١٣٠١ ه‌) هستند. اين شيخيه را «ثقة الاسلاميه» نيز گويند.

پس از حاج ميرزا شفيع، پسرش ميرزا موسى و بعد از وى ميرزا على معروف به ثقة الاسلام دوم يا شهيد كه در سال ١٣٣٠ قمرى به جرم مشروطه خواهى به دست روسهاى تزارى به دار آويخته شد و پس از وى برادرش ميرزا محمد به رياست اين طايفه رسيد.

طايفه ديگر شيخيه «حجة الاسلامى» هستند كه از ميرزا محمد مامقانى