دانشنامه اميرالمؤمنين بر پايه قرآن، حديث و تاريخ - محمدی ریشهری، محمد - الصفحة ٤٩٨ - تحليلى در باره بركنارى قيس بن سعد
سال بعد، شورش بر ضدّ محمّد بن ابى بكر، آغاز شد و محمّد در هجوم نابكاران به شهادت رسيد وجسد او سوزانده شد.
پرسش مطرح در اين زمينه آن است كه: چرا امام على ٧ سياستمدارى زيرك را كنار گذاشت و جوانى تازه كار را به جاى او گماشت تا در پايان كار، به اين شكل فجيع به شهادت برسد؟
گزارشهاى تاريخى به دسيسه معاويه اشاره دارند. گفته شده است كه معاويه، سعى داشت تا قيس بن سعد را به سوى خود، جذب كند. نامههاى چندى هم بدو نوشت واو را به خونخواهى عثمان فرا خوانْد؛ ولى قيس، زيركتر از آن بود كه فريب او را بخورد؛ امّا به خاطر موقعيت خاص مصر و نفوذ بنى اميه در آنجا و نزديكى آن سرزمين به شام، از دادن پاسخ صريح به معاويه و ابراز موافقت و يا مخالفت با او هم پرهيز مىكرد و كوشش مىنمود تا با نامهنگارىهاى بىحاصل و طولانى، فرصت بيشترى به دست آورد.
معاويه كه خودْ سياستمدارى نابكار بود و از همراهى عمروعاص هم بهره مىبرد، نامهاى را به نام قيس بن سعد، جعل كرد كه مضمون آن، تمايل قيس بن سعد به معاويه بود. اين نامه در شام، پخش شد وجاسوسان امام على ٧ در شام، خبر آن را به مركز خلافت، انتقال دادند.
امام ٧ با مشاوران خود به گفتگو نشست. نظر آنان اين بود كه با توجّه به رواج اين مطلب در ميان لشكريان و عموم مسلمانان، بهتر است قيس بن سعد، بركنار شود و به جاى او شخصيتى با صلابتتر جايگزين شود.
در برخى گزارشها آمده است كه عبد اللّه بن جعفر، پيشنهاد كرد كه قيس بن سعد، بركنار و محمّد بن ابى بكرْ جايگزين او شود و اين پيشنهاد را از سرِ محبّت او به محمّد دانستهاند؛ زيرا اين دو، برادرِ مادرى بودند.