مقدمه كشف الاسرار شامل سه قسمت است. قسمت اوّل خطبه‌اى فاخر به زبان عربى در تنزيه و تقديس خداوند و تحيت و سلام بر خاتم الانبياء (ص)، خاتم الاوصياء (ع) و عترت طاهره عليهم السلام كه آكنده از تلميحات قرآنى و روايى مقتبس از ادعيه مأثوره است، و با خطبه بدايع الحكم قابل مقايسه مى‌باشد.

قسمت دوّم اين مقدّمه كه بيش از نيمى از آن را نيز شامل مى‌شود، تعريف و تمجيد ناصر الدين شاه قاجار است كه ظاهرا كتاب به درخواست او آغاز شده است. اين بخش از مقدمه نيز شبيه همين قسمت از مقدّمه بدايع الحكم است. هر دو مقدمه حاكى از حسن نيّت اين حكيم پاك نهاد به سلطان وقت و به سبك ادبيات عصر قاجارى متكلّفانه و حاوى مدحهاى مبالغه‌آميز و تعريفهاى دوراز واقع است، كه اى كاش شارح فاضل با اقتدا به ماتن عارف قلم را از لغزيدن در اين وادى ناصواب حفظ مى‌كرد. به‌هرحال اين قسمت از مقدمه سندى تاريخى از فرهنگ عصر ناصرى است، و از انتهاى همين قسمت بر مى‌آيد كه ناصر الدين شاه مجالس علمى ترتيب مى‌داده و به حال علما التفات داشته است.

اما مهمترين قسمت اين مقدمه، قسمت سوم و در حقيقت قسمت اخير آن است، كه حاوى نكات ارزنده‌اى است اوّلا: حاكى از گرايش عرفانى و روح لطيف نويسنده است كه در قالب گفت و گويى شنيدنى با هاتف غيبى به رشته تحرير درآمده است. اين قسمت چه به لحاظ ادبى و چه به لحاظ محتوا بسيار درخشان است و در زمره شيواترين قطعات بجامانده از حكيم مؤسس است: «هاتف غيبى به نغمه داودى و طائر قدسى به نواى عندليبى به گوش هوشم خوانندگى آغاز نمود كه هان اى خردمند تا كى در زاويه خمول نشسته، جواهر معارف و لئالى حقائق را در گنجينه خاطر مستور داشته ... به جلوه عيان آور آنچه را كه مدتها در مخزن ضمير مستور ساخته‌اى و به محضر شهودآور آنچه را كه سالها در مكمن خاطر مخفى داشته‌اى تا در نظر اهل بصيرت جلوه‌گرى نمايد و دلهاى صاحبان معرفت و حكمت را منور و روشن گرداند.»

ثانيا: آقا على دراين نوشته كوتاه از دو ناحيه بسيار آزرده است تا آنجا كه «مكنون خاطر خود را نيز فراموش كرده» يكى «به جهت كثرت هجوم امراض و اسقام و شدت درد و اوجاع و آلام» كه ميرزا حسن خان اعتماد السلطنه در كتاب روزنامه خاطرات به اين درد