جلد اول مجموعه مصنّفات حكيم مؤسّس به مفصل‌ترين اثر آقا على يعنى «تعليقات الاسفار» اختصاص يافته است. اين تعليقات در زمره مهمترين حواشى اسفار و حاوى برخى از درخشانترين ابتكار حكيم مؤسس است. از آنجا كه آقا على در بخش قابل توجهى از اين تعليقات، به تحليل انتقادى حواشى حكيم متأله حاج ملاهادى سبزوارى و ملا احمد اردكانى شيرازى پرداخته است، بعلاوه آقا على آراء ديگر اعاظم حكمت متعاليه از قبيل آقا محمد بيد آبادى، ملا على نورى، ملا اسماعيل اصفهانى و نيز نظرات اساتيدش ميرزا محمد حسن نورى، ملا محمد جعفر لاهيجى لنگرودى و نيز ملا آقا قزوينى (در مورد اخير بدون تصريح) را مورد بحث و بررسى و انتقاد قرار داده است، لذا اين تعليقات از ارزش بسيار بالايى برخوردار است.

جلد دوم مجموعه مصنفات حكيم مؤسس شامل چهار رساله عربى و ده تعليقه فلسفى آقا على مدرس طهرانى است. رسالة فى التوحيد، رسالة سبيل الرشاد فى اثبات المعاد، رسالة فى مباحث الحمل، و رسالة فى الوجود الرابط مهمترين تك نگارى‌هاى فلسفى حكيم طهرانى، بلكه هر يك در موضوع خود آخرين دستاورد فلسفه اسلامى است.

چهار مسئله توحيد، معاد جسمانى، حمل و وجود رابط از افقى تازه مورد بررسى قرار گرفته و به ويژه سه رساله اخير مالامال از آراء ابتكارى و بديع آقا على است. مهمترين نوآورى اين حكيم متأله درباره معاد جسمانى در رساله كم‌نظير سبيل الرشاد تشريح شده است.

تعليقات الشواهد الربوبية، تعليقات على شرح الهداية الاثيرية، تعليقات على حواشى الهيات الشفا، تعليقات على حواشى شرح حكمة الاشراق، قسم اوّل تعليقات فلسفى آقا على بر كتب صدر المتألهين دربردارنده نكته‌سنجى‌هاى استاد الاساتيد بر آراء مؤسس حكمت متعاليه است. تعليقات شوارق الالهام از جمله مهمترين آثار آقا على، مجموعه ديدگاههاى حكيم مؤسس در امور عامه و الهيات بالمعنى الاعم است. تعليقات على حواشى الفياض على شرح الاشارات ديگر تعليقات آقا على بر آثار حكيم متأله ملا عبد الرزاق فياض لاهيجى است. سومين قسم تعليقات اين مجموعه تعليقات آقا على بر