يك امتياز به‌ظاهر بسيار درشت و چشمگير به روحانيت و فقها در اصل دوم متمم قانون اساسى توانستند در مقابل آن با گنجاندن اصولى مانند آزادى و مساوات بدون قيد و شرط به بهانه بستن دست قوه مجريه و دربار از تعدى و تجاوز و محدود نمودن شاه از استبداد در حقيقت زمينه يك نظام لائيك بالقوه و سكولار تمام عيار و نوعى ديگر از استبداد را بنيان نهند و با توجه به غير عملى بودن اصل نظارت مجتهدان طراز اول به تدريج نظام مشروطه را از نفوذ رهبرى روحانيت و فقها آزاد نموده و شرايط حدوث و بقاى ديكتاتورى رضاخانى را فراهم آوردند.

تفاوت نائينى در موضع حمايت مطلق از مشروطه و توجيه فقهى مفاد قانون اساسى رژيم سلطنتى مشروطه با شيخ فضل‌الله نورى كه سرسختانه بر موضع خود به‌عنوان يك مخالف آشتى‌ناپذير با مشروطه و ابداع و منتشركننده شبهات شرعى پيرامون اصول مشروطيت پا مى‌فشرد؛ آن بود كه نائينى با تمام دقت عملى و تسلطش بر اصول و فروع فقهى از دوردستى به آشتى داشت و مى‌خواست به هر نحو ممكن قدرت سياسى مذهبى تشيع در ايران همچنان تداوم يابد.

نائينى در تحليل مسائل ايرانِ دوره استبداد، به اين نتيجه رسيده بود كه دوران استبداد به سر آمده و وابستگى قدرت سياسى تشيع به استبداد موجب زوال هر دو خواهد بود.

اين فقيه بزرگ با توجه به وضع جهان آن روز مى‌خواست قدرت سياسى شيعه را در ايران حفظ كند. نه رژيم سلطنتى را كه در هر حال ريشه در استبداد داشت، لكن حفظ تشيع به‌عنوان يك قدرت سياسى مذهبى نياز به يك تئورى (دولت) داشت كه با پشتيبانى تشيع قدرت سياسى را در ايران به دست گيرد و تشيع در پناه آن اقتدار خود را تداوم بخشد.

شيخ فضل‌الله نورى در ايران بود و كارى با آنچه كه در دنيا مى‌گذشت نداشت. او مسير استبداد و مشروطه را در هر صورت به سمت جدايى از اقتدار سياسى روحانيت مى‌ديد، روحانيت در ايران نماينده تشيع و تجلّى اقتدار سياسى آن بود.

به‌نظر مى‌رسد شيخ فضل‌الله نورى و سيد حسن مدرس على‌رغم خطمشيهاى سياسى متفاوتى كه داشتند در اين نكته مشتركاً گام برمى‌داشتند كه نظام سياسى در ايران