قزلباش و كارگزاران مهم دربار و دولت از يك سو و صدرها (علما و فقها) از سوى ديگر و تضاد ديگر بين صدرها و شخص محقق كركى كه مشروعيت حضور فعال آنان را در عرصه‌هاى سياسى و اقتصادى و ادارى كشور محدود مى‌نمود. [١]

هرچند پايان كار مبارزه مخفى قزلباش و درباريان با علما به زوال قدرت معارضان علما و فقها انجاميد، لكن تضاد دوم براى دولت و ملت فاجعه از دست دادن فقيه بزرگى چون محقق كركى را به ياد آورد. بنا بر برخى از گزارشها بازگشت وى به نجف اشرف درواقع حالتى تبعيدگونه داشته و حتى فوت ناگوار او نيز مشكوك به مسموميت بوده است. [٢]

نتيجه مبارزه پنهانى

در اين مبارزه پنهانى و توطئه‌آميز، شاه صفوى همواره از محقق كركى حمايت مى‌كرده و حتى يكى از معارضان را به بغداد تبعيد نموده، لكن سرانجام اين فقيه بزرگ ناگزير از بازگشت به نجف اشرف گرديد و بنا به روايتى از پدر شيخ بهايى به سمىّ كه توسط عمال دولتى به وى خورانده شد به فيض شهادت رسيد. [٣]

در هر حال گزارشهاى تاريخى حكايت از ناخشنودى شاه طهماسب اول از بازگشت محقق كركى به نجف اشرف دارد، به‌طورى‌كه وى سعى نمود با ارسال فرمان دوم مبنى بر تفويض اختيارات بيشتر به محقق كركى او را به بازگشت مجدد به ايران تشويق نمايد.

لكن اين فرمان كه در سال (٩٣٩ ه‌. ق) صادر گرديد نيز توانست بازگشت وى را فراهم سازد و شايد اين خود قرينه‌اى بر صحت احتمال شهادت اين فقيه بزرگ تلقى گردد.

به روايت حسن بيك روملو نويسنده احسن‌التواريخ كه معاصر محقق كركى بوده حكم تبعيد دو تن از علماى مخالف محقق كركى را شاه طهماسب اول خود صادر نمود و يكى از آن دو را كه از شاگردان خود محقق كركى بود با سلب كليه اختيارات مذهبى به حله و دومى را كه همان قطيفى بود با گرفتن تعهد مبنى بر عدم مخالفت به نجف اشرف

[١] . حسن بيك روملو در احسن‌التواريخ از معارضه صدر بزرگ دربار صفوى به‌نام جمال‌الدين محمد استرآبادى با محقق كركى ياد كرده است رك: احسن‌التواريخ، ج ١٢، ص ٢٥٣ و روضات الجنات، ج ٤، ص ٣٦٩.

[٢] . رك: خواندمير، حبيب‌السير، ج ٤، ص ٥٧٨-٥٧٦.

[٣] . خوانسارى، روضات‌الجنات، ج ٤، ص ٣٧٢ و حسن بيك روملو، احسن‌التواريخ، ج ١٢، ص ٢٥٦.