بسيارى از گزارشهاى تاريخى درباره زندگى سياسى اين فقيه بزرگ در ايران حكايت از دشمنيها و توطئه‌هاى سازمان يافته تعدادى از درباريان و حتى علماى وابسته به دربار صفوى نسبت به وى دارد كه در اين ميان شخصيتهايى چون غياث‌الدين دشتكى شيرازى، محمودبيك مهرداد، [٢] امير نعمة‌الله حلى و شيخ ابراهيم قطيفى نام برده شده است كه به عزل غياث الدين از مقام صدارت و مرگ محمود بيك و تبعيد قطيفى به نجف انجاميد و اين مخالفها و دشمنيها بيشتر از حضور عينى و عملى محقق كركى در صحنه سياسى آن زمان در ايران نشأت مى‌گرفته است.

كركى با دستورالعملهاى كتبى مأموران و كارگزاران و حتى مردمان دينى را به وظايف دولتى و شرعى مكلف مى‌نمود و رفتار كارگزاران دولت را با مردم و كيفيت دريافت و هزينه نمودن خراج و مالياتها را محدود و مشخص مى‌كرد و طبق دستور وى در هر شهر و روستايى مى‌بايست امام جماعت و معلم شرعيات حضور داشته و صدرها در سلسله مراتب ادارى و دينى به موازات هم از جايگاه رفيعى برخوردار بودند.

صدرها علماى برجسته‌اى بودند كه در رابطه با امور سياسى و مملكتى كارگزاران را راهنمايى مى‌نمودند، اوامر محقق كركى كه از طرف شخص شاه طهماسب اول پشتيبانى مى‌شد از يك‌سو اختيارات كارگزاران و درباريان را محدود و از سوى ديگر در امور مذهبى مقررات خاصى را حاكم مى‌نمود تا آنجا كه قبله بسيارى از شهرهاى ايران تغيير يافت و على‌رغم فتواى برخى از علماى نجف‌اشرف در نمازها از خاك تربت حسينى پخته (مُهر) استفاده شد. [٣]

خوانسارى گزارشگر محقق و پرآوازه، در شرح حال محقق كركى ضمن تجليل فراوان از اين فقيه بزرگ بهنقد گوشه‌هايى از زندگى سياسى وى پرداخته و مى‌نويسد: به روايت

[١] . خوانسارى، روضات الجنات، ج ٤، ص ٣٦٩.

[٢] . به روايت خوانسارى، همان، وى يكبار قصد به قتل رساندن محقق كركى را داشته كه مرگ نابهنگامش‌مانع از اجراى اين توطئه مى‌شود.

[٣] . رك: همان، ص ٣٦١ و رياض العلماء، ج ٥، ص ٤٥٢ و ريحانة‌الادب، ج ٥، ص ٢٧٢ و حبيب‌السير، ج ٤، ص ٦٠٩.