انتقل إلى رحمة الله تعالى في اليوم الثاني من شهر شعبان سنة ١٤١٤هـ ، ودفن جثمانه الطاهر في معهده الشريف بمدينة "بانجيل" بعد تشييع الآلاف من المسلمين له الذين أتوا من أرجاء البلاد الأندونيسية والماليزية والسنغافورية، وودّعوه بالبكاء والدعاء.

بقي ذكره حيّاً، وصار رمزاً للوحدة بين المسلمين ونموذجاً لأبناء بلده في العلم والعمل والجهاد.

وقفة مع كتابه "رداً على الندوي في صورتيه المتضادّتين"

كتب "حسين الحبشي" هذا الكتاب لتفنيد آراء الشيخ الندوي في كرّاسه المسمّى (صورتان متضادّتان لنتائج جهود الرسول الأعظم الدعوية والتربوية وسيرة الجيل المثالي الأوّل) والذي شكّك فيه في تصوّرات وآراء أتباع أهل