ولد في سنة ١٣٣٩هـ (١٩٢١م) في مدينة "سورابايا" باندونيسيا، ونشأ في أسرة مهاجرة شافعية المذهب تعود أصولها إلى السادة اليمنيّين في "حضرموت" حيث يتّصل نسب أبيه إلى الرسول الأعظم(صلى الله عليه وآله) باثنين وثلاثين واسطة من طريق علي بن جعفر العريضي.

ثمّ درس العلوم الإسلامية في مدرسة "الخيرات" وهي أقدم مدرسة إسلامية في "سورابايا" حيث أقامها السادة اليمنيون، وأكمل دراسته في "ماليزيا" عند أحد العلماء المعروفين.

عمل مدّرساً في إحدى المدارس بمدينة "بوندواسا"، كما عمل في مجال التبليغ والدعوة والإرشاد. وأسس "المعهد الإسلامي" في مدينة "بانجيل" الذي خرّج العديد من الكوادر الإسلامية الواعية.

اعتناقه لمذهب أهل البيت(عليهم السلام):

لم يكن "حسين الحبشي" من المتعصّبين أو ذوي الفكر المحدود والمغلق، بل كان من العلماء الواعين المنفتحين على العالم الإسلامي وعلمائه من كلّ الطوائف حيث كانت له علاقات ودّية مع أمثال سيّد قطب والندوي والقرضاوي ومحمد بن علوي المالكي المكّي وغيرهم.

وبعد انتصار الثورة الإسلامية في إيران، أقام علاقات قويّة مع علماء إيران وتعرّف على مذهب الشيعة ثمّ درس أصول ومبادىء هذا المذهب فاقتنع به