گویند «تیمور» از وی خواست که بر مبنای یکی از دو مذهب «شافعی» یا «حنفی» حکم کند. او نیز در اثر اصرار و الحاح مردم و حکام «حنفی» مذهب «سمرقند»، حکم برمبنای مذهب «حنفیه» را برگزید.

«آقابزرگ» نیز «تشیع» میر سید شریف را مسلم فرض کرده و علت این اختلاف را، گرایش برخی از فرزندان و نوادگان وی به «تسنن» می داند. او نیز از این اشکال جواب داده و علت گرایش میر سید شریف به مذهب «حنفی» را ظاهری و به دلیل غلبه حکام و قدرتمندان «سنی» مذهب بر مردم «ایران» دانسته است.

شاید از آثار میر سید شریف نیز بتوان به مذهب وی دست یافت. آثاری چون شرح تذکره ی «خواجه نصیر طوسی» و «شرح تجرید» «علامه حلی».

به هر حال میر سید شریف دانشمندی بس بزرگ و صاحب نام بود که پیروان هر ملت و مذهبی افتخار انتساب وی را به خود، مدعی بودند.

میر سید شریف شاگردان زیادی پرورید. از آن جمله پسرش «شمس الدین محمد بن علی جرجانی» متوفای ٨٣٨ه-.ق. را می توان نام برد.

هم چنین «مولانا حسن شاه بقال»، «سعد الدین اسعد دوانی»، «محیی الدین محمد کوشکناری انصاری»، «نور الدین علی بن ابراهیم جویمی شیرازی» (درگذشته به سال ٨٦٢ ه-.ق.)، «خواجه علی چاکردیزگی سمرقندی»، «محمد حاجی بن شیخ عمر بن محمود»، «شهاب الدین ابوالعباس احمد بن محمود» معروف به «ابن عربشاه (٧٩١ - ٨٥٤ ه-.ق.)، «خواجه حافظ شیرازی»، «شیخ محمد بن ابی جمهور احسایی»، «سید محمد نوربخش»، «جلال الدین محمد بن عبدالعزیز «شافعی»، «شیخ منصور بن حسن کازرونی» و... از شاگردان نام آور میر سید شریف هستند.

میر سید شریف از پژوهشگران پرکاری است که آثار و تالیفات ارزشمندی را در عرصه های گوناگون علمی، همچون: تفسیر، کلام، منطق، فلسفه، عرفان، ادبیات عرب و علوم بلاغی، فقه و اصول، ریاضیات و نجوم و آثار دایرهالمعارفی (چند دانشی) از خود بر جای نهاده است.

شروح و حواشی وی بر آثار عقلی و نقلی علمای پیشین، از دقت نظر و تسلط او بر مباحث مطرح شده در این آثار حکایت دارد.

جرجانی در حاشیه ی نگاشته ها و شرح نگاشته های خود بیش از هر چیز کوشیده است ابهامات متن را بر طرف و منظور مولف را آشکار سازد.

او در آسان سازی و تفهیم مطالب با بهره گیری از بیانی بلیغ و شیوا چنان موفق است که بسیاری از آثار او به عنوان متن درسی و از جمله کتاب های رایج در میان طالبان علوم دینی در کشورهای مختلف اسلامی به شمار می رود.

آثار:

تا کنون بیش از ٩٤ اثر برای میر سید شریف شناسایی شده است. که از آن جمله موارد ذیل شرح داده می شود:

١. آفریده اول

این اثر ظاهراً گزیده ای است از نوشته ها و گفته های میر سید شریف جرجانی درباره ی آفریده ی اول. توضیح اینکه میان حکما و اهل شرع، بر سر نخستین آفریده و نام آن اختلاف است. میر سید شریف سعی کرده به این سوال پاسخ دهد.