سال ١٢٥١ه-.ق. شهر «کربلا» از سوی «داوود پاشا» محاصره شد. در این ایام، شیخ محمدجعفر «کربلا» را به قصد زیارت «امام رضا» علیه السلام ترک گفت و به «ایران» سفر کرد.

هنگام خروج از «کربلا»، برای بار سوم از سوی پیروان «شیخیه»، مورد هجوم قرار گرفت و زخمی شد. این سفر از طریق «کرمانشاه» و «تهران»، به «خراسان» انجام شد و زمانی طولانی ادامه یافت.

پس از مدتی اقامت در «مشهد» مقدس، «محمد شاه قاجار»، از شیخ محمدجعفر دعوت کرد ریاست دینی مسلمانان را به عهده بگیرد و در پایتخت ساکن شود. استرآبادی، سال ١٢٥٥ه-.ق. مجدداً به «تهران» رفت و رهبری دینی را به دست گرفت. تا سرانجام به سال ١٢٦٣ ه-.ق. در «تهران» دار فانی را وداع گفت.

مردم «تهران»، تشییع با شکوهی از وی به عمل آوردند و پیکرش را به «نجف اشرف» منتقل کردند و در ایوان مطهر حضرت علی علیه السلام دفن کردند.

بیش از هفتاد اثر را به ملا محمدجعفر شریعتمدار استرآبادی نسبت داده اند. آنچه در ذیل شناسانده می شود، بخشی از آن هاست که در منابع مختلف نام برده شده است.

آثار:

١. آب حیات (فلک مشحون)

«آب حیات» یا «فلک مشحون» یک رساله ی فارسی در علم کلام و اصول عقاید است. این رساله در پنج فصل و هر فصل در پنج مقام تنظیم یافته است.

فصل اول، به توحید و مباحث واجب الوجود اختصاص دارد. فصل دوم، به عدل، فصل سوم، به نبوت، فصل چهارم، به امامت و فصل پنجم، پیرامون معاد بحث می کند.

نسخه های خطی:

٤ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)» به شماره ٧١٠١ در ١٥٨ برگ، کتابت سال ١٢٤٥ه-.ق.، شماره ٣٠٦٣ در ١٢٩ برگ، شماره ٣٨٨٨ در ٦٨ برگ، کتابت سال ١٢٥٨ه-.ق.، شماره ١٠/١٢٩٦٣ در ٧ برگ، کتابت سال ١٢٤٥ه-.ق. موجود است.

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)» به شماره ٢٠١/٢٩ در ١٤ برگ موجود است.

٢ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی ملی جمهوری اسلامی ایران» به شماره ٢٥٥٠/ف در ٢٧٤ برگ، کتابت سال ١٢٤٨ ه-.ق. و ٢/٥٤٧٠ در ١٠ برگ، کتابت سال ١٢٥٧ه-.ق. موجود است.

٥ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی مجلس شورای اسلامی» به شماره ٦/٥٤١٧ در ١١١ برگ، کتابت سال ١٢٣٩ه-.ق.، شماره ١/١١٨ در ٢١٦ برگ، شماره ٥٣٢٣ در ٨١ برگ، کتابت سال ١٢٦٠ه-.ق.، شماره ٥٣١٢ در ٩٤ برگ، کتابت سال ١٢٤٢ه-.ق. و شماره ١/٣٣٤٥ در ١٧٢ برگ، کتابت سده ١٣ه-.ق. موجود است.

٢ نسخه ی خطی در «کتابخانه مدرسه ی فیضیه» «قم» به شماره ٤/٢٠٦٠ در ١٣ برگ و شماره ٣/١٠٣٦ در ١٨ برگ موجود است.

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه مدرسه ی مروی تهران» به شماره ٦٦٧ موجود است.

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی مدرسه ی امام عصر (عج) شیراز» به شماره ٢٥٧ در ١٠٦ برگ، کتابت سال ١٣٢٦