در دروس خارج فقه و اصول استادان بزرگ حوزه ی «نجف اشرف» شرکت جست. از جمله استادان وی، به «صاحب ریاض»، «سید علی طباطبایی بهبهانی»، متوفای ١٢٣١ه-.ق. می توان اشاره کرد.

شیخ محمدجعفر، تقریرات دروس استادان خود را در پای منبر، به زبان عربی می نوشت. یکی از این کتاب ها، «ملاذ الاوتاد»، تقریرات درس اصول فقه استادش، «سید علی طباطبایی» است.

شریعتمدار استرآبادی، پس از دریافت اجازه ی اجتهاد و روایت از استادش «سید علی طباطبایی»، حدود سال ١٢٢٩ه-.ق. به زادگاه خویش بازگشت و در «انزان» به خدمات دینی و ارشاد پرداخت.

وی در اندک زمان حضورش در «انزان»، به تالیف «شرح الفیه» «شهید ثانی» اقدام کرد. سپس به دلیل وجود یک عالم از شاگردان استاد کل «بهبهانی»، به نام «ملا محمدرضا استرآبادی»، زادگاهش را به سوی«قزوین» ترک گفت.

در «قزوین» به تدریس و تالیف ادامه داد. تا زمانی که «فتحعلی شاه» در سفری به «قزوین»، از مراتب علم و فضل شیخ محمدجعفر آگاه گردید و از وی دعوت کرد تا در «تهران» اقامت اختیار نماید.

شیخ محمدجعفر شریعتمدار، به جهت اینکه یکی از دوستان و هم درسانش در «قزوین» ریاست دینی را به عهده داشت، دعوت شاه را اجابت کرد تا با حضور خود در «قزوین»، میدان را برای دیگران تنگ نکند.

قدوم شیخ محمدجعفر در «تهران» بسیار مورد اکرام و احترام قرار گرفت. شاه خانه ای متصل به کاخ سلطنتی در اختیار وی قرار داد.

حضور شیخ محمدجعفر در «تهران» بسیار پربرکت بود. او حدود بیست سال به تدریس، تالیف، تحقیق، اقامه نماز جمعه و جماعت و ارشاد خلق اشتغال داشت.

علمای بزرگ «تهران» نیز مقام وی را تعظیم می کردند. تا جایی که ریاست دینی پایتخت به او واگذار شد.

در جنگ های «ایران» و «روس»، همراه «سید محمد طباطبایی» و علمای بزرگ «شیعه»، به سال ١٢٤٢ه-.ق. در اردوگاه جهاد حضور یافت.

ملا محمدجعفر استرآبادی، پس از شرکت در جهاد علیه متجاوزان «روسی»، به سفر «مکه» مکرمه اقدام کرد و از طریق «قزوین»، به حج رفت. هنگام بازگشت، از طریق «نجف اشرف»، در «کربلا» اقامت گزید.

اقامت شیخ محمدجعفر در «کربلا» مصادف بود با غایله «شیخیه» به رهبری «شیخ احمد احسایی» و بلوای شورش و تکفیر و درگیری میان مسلمانان.

شیخ محمدجعفر به حکم وظیفه ی دینی، با «شیخ احمد احسایی» و «سید کاظم رشتی» به مباحثه و مذاکره پرداخت. هردو رهبر «شیخیه»، در مذاکرات شکست خوردند و حکم برائت نگرفتند.

پیروان آنان علیه شیخ محمدجعفر شریعتمدار شوریدند و دو بار او را مورلد حمله و به قصد کشت، مورد ضرب و شتم قرار دادند.

شریعتمدار استرآبادی، به خواست خدا، از هر دو حمله، جان سالم بدر برد و پس از درمان، سلامت خود را بازیافت.

علاوه بر غوغای «شیخیه»، بیماری طاعون نیز بلای خانمان سوزی شده بود که بسیاری را به کام خود کشید. از جمله چند تن از فرزندان و خانواده ی شیخ محمدجعفر به این