برخی دیگر تحصیلات وی را در زادگاهش «استرآباد» و «قاهره» می دانند. این دسته بر این باورند که زمینه سفر میر سید شریف به «شیراز»، پس از بازگشت از «قاهره» و ملاقات وی با «جلال الدین شاه شجاع بن مظفر» متوفای ٧٨٦ه-.ق. فراهم آمد.

داستان از این قرار است که به نظر برخی وی «شرح شمسیه» و «شرح مطالع» را نزد «قطب الدین رازی» متوفای ٧٦٦ه-.ق. فراگرفت. اما جمع دیگری می گویند به دلیل سالخوردگی «قطب الدین رازی»، وی امکان دانش اندوزی از «رازی» را پیدا نکرد. بلکه به راهنمایی وی، عازم «قاهره» شد تا از «میر محمود بن مبارک شاه بخاری» معروف به «میرک بخاری» متوفای ٧٧٥ه-.ق. بهره بگیرد.

«میرک بخاری»، از شاگردان برجسته ی «قطب الدین رازی» بود. میر سید شریف در سفر خود به «قاهره»، با «شمس الدین قناری» متوفای ٨٣٤ه-.ق. آشنا گشت. آنگاه در «قاهره»، «شرح شمسیه»، «شرح مطالع» و «مواقف عضد الدین ایجی» را نزد «میرک بخاری» خواند. او هم چنین ازمحضر درس «اکمل الدین محمود بن محمود بابرتی» متوفای ٧٨٦ه-.ق.، در «قاهره»، سود جست و «حاشیه الهدایه مرغینانی» را از وی فراگرفت.

عاقبت پس از ٤ سال توقف در «قاهره»، به زادگاهش «استرآباد» بازگشت. این هنگام او حدود ٣٩ سال داشت که «شاه شجاع» در قصر زرد «استرآباد» فرود آمد. میر سید شریف توسط «سعد الدین تفتازانی» به محضر وی معرفی گردید. «شاه شجاع» در همان ملاقات نخست، مقام علمی او را شناخت و قدومش را گرامی داشت. پس از این ماجرا، او میر سید شریف را همراه خود به «شیراز» برد.

جرجانی در «شیراز» مقامی بلند یافت و به مدت ١٠ سال استاد مسلم و بی رقیب در «دارالشفای فارس» بود. تا اینکه «امیر تیمور» به سال ٧٨٩ه-.ق. به جنوب «ایران» حمله کرد و «فارس» را متصرف شد.

«تیمور» پس از تسخیر «شیراز»، مردانی، از جمله میر سید شریف جرجانی را با خود به «سمرقند» برد.

جرجانی در آنجا نیز مقام رفیع خود را حفظ کرد و کرسی تدریس را برپا نمود. گفته می شود وی در آنجا با «سعد الدین تفتازانی» مناظره علمی کرد و بر او غلبه یافت. پس از این مناظره، صدر مجلس «تیمور» از «تفتازانی» به جرجانی انتقال یافت و «تفتازانی» به خاطر این شکست، به مرگ زودرس مبتلا گشت.

به هر روی جرجانی پس از مرگ «تیمور» به سال ٨٠٧ه-.ق. خود را به «شیراز» رساند و حوزه ی درس خویش را مجدداً رونق بخشید.

گویا در همین دوران «شاه نعمت الله ولی» متوفای ٨٣٤ه-.ق. به «شیراز» سفر کرد و مورد استقبال میر سید شریف واقع شد. جرجانی از این زمان به عرفان و سیر و سلوک علاقه نشان داد و به نظر برخی، به طریقه ی «نقشبندیه» پیوست.

در خصوص مذهب میر سید شریف اختلاف زیاد است. برخی او را در اصول «اشعری» و در فروع «حنفی» دانسته اند.

دسته ای دیگر بر این باورند که میر سید شریف شیعه ی دوازده امامی بود.

«قاضی نورالله شوشتری» متوفای ١٠١٩ه-.ق.، بر «تشیع» وی اصرار دارد. او برای اثبات این مدعا شهادت «سید محمود نوربخش موسوی» (٧٩٥ - ٨٦٩ قمری) شاگرد و معاصر میر سید شریف و« محمد بن ابی جمهور احسایی» (در گذشته در حدود ٨٨٠ قمری) را گواه می آورد.