٦. أسرار الآيات وأنوار البيّنات في معرفة أسرار آيات اللّه تعالى وصنائعه وحكمه على الطريقة العرفانية مع تطبيق الآيات القرآنية على أكثر، بحوثه مرتّبة على مقدّمة وثلاثة أطراف كلّ طرف ذو مشاهد، الطرف الأوّل في علم الربوبية، والثاني في أفعاله تعالى، والثالث في المعاد، طبعت في إيران مكرراً.

٧. شرح الهداية الأثيرية:طبع عام ١٣١٣هـ.

٨. شرح إلهيات الشفاء: نهج فيه منهج المتن، طبع بالقطع الكبير عام ١٣٠٣ هـ مع إلهيات الشفاء في مجلّد واحد.

٩. رسالة الحدوث: رسالة مبسوطة في مسألة حدوث العالم، طبع عام ١٣٠٢هـ.

١٠. كتاب مفاتيح الغيب: طبع مع شرح أُصول الكافي.

إلى غير ذلك من الآثار والمؤلّفات إلى أن لقى ربّه في سفره إلى الحجّ، ودفن في مقابر النجف الأشرف.

يصفه السيد حسين البروجردي في أُرجوزته الرجالية بقوله:

ثمّ ابن إبراهيم صدر الأجلّ *** في سفر الحجّ مريضاً ارتحل

قدوة أهل العلم والصفاء *** يروي عن الداماد والبهائي