٢ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی ملی جمهوری اسلامی ایران» به شماره ٢٢١٥/ف در ٨٣ برگ، کتابت سده ١١ه-.ق. و شماره ٣٤٧/ف در ٦٥ برگ، کتابت سده ١٢ه-.ق. موجود است.

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه دانشگاه استانبول» به شماره ١٢٦٧ در ٧٢ برگ، کتابت سال ١١١٤ه-.ق. موجود است.

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه مدرسه ی رضویه ی قم» به شماره ٣/٧٥ در ١٢٣ برگ، کتابت سال ١٣١٤ه-.ق. موجود است.

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی مدرسه ی آخوند همدان» به شماره ١٢/٤٧٦٠ موجود است.

نسخه های چاپی:

چاپ نشده است.

٢. تعریب تحفه الفحول فی شرح معرب الفصول

اصل کتاب از آنِ «خواجه نصیر الدین طوسی» است. سید محمد جرجانی آن را به عربی برگردانده است.

سپس «محمد بن احمد خواجکی شیرازی» از دانشمندان قرن دهم ه-. ق.، عربی آن را شرح کرده است.

نسخه های خطی:

هیچ نسخه ی خطی به دست نیامد.

نسخه های چاپی:

چاپ نشده است.

٣. الثاقب فی المناقب

باید تصریح کرد که این کتاب متعلق به «سید محمد بن میر سید شریف علی جرجانی» نیست. اما از آنجا که نویسنده ی آن مورد اختلاف پژوهشگران است و از سوی دیگر نام نویسنده اش محمد بن علی جرجانی ذکر شده است، برای رفع اشتباه آوردیم.

باید توضیح داد که «آقابزرگ» نخست این اثر را به شخصی با نام «محمد بن علی جرجانی» معاصر «ابن شهرآشوب» نسبت داده است. سپس آن را از آثار «محمد بن علی جرجانی طوسی» بر شمرده است.

٤. جامع الدقائق فی شرح غره المنطق

برخی منابع این اثر را به دلیل شباهت اسمی به «الغره فی المنطق»، به اشتباه به سید محمد بن علی جرجانی نسبت داده اند.

در حالی که عنوان درست آن «جامع الدقائق فی شرح رساله الغره فی المنطق» است و نویسنده ی آن «نجم الدین خضر بن محمد بن علی رازی حبله رودی» از شاگردان سید محمد بن علی جرجانی است.

وی رساله «الدره» استادش را نیز با عنوان «کاشف الحقایق فی شرح رساله الدره فی المنطق» شرح کرده است.

٥. الجواهر العقلیه

مرحوم «آقابزرگ» به نقل از فهرست تصنیفات سید محمد بن علی جرجانی، این کتاب را به وی نسبت داده است.

نسخه های خطی:

هیچ نسخه ی خطی به دست نیامد.

نسخه های چاپی:

چاپ نشده است.

٦. حاشیه بر شرح کتاب «المتوسط فی شرح الکافیه»

این اثر در واقع تالیف «میر سید شریف جرجانی»، پدر