دشمنی آشکار وی با فقهای اصولی و زشت گویی علیه مجتهدانی چون: «میرزا ابوالقاسم قمی»، «شیخ جعفر عرب نجفی»، «محمدابراهیم کلباسی» و «میر سید علی طباطبایی»، موجب تحریک مردم گردید و عرصه بر وی تنگ شد. تا مجبور شد «عراق» را ترک کند.

اخباری به «ایران» سفر کرد و از شهرهای «اصفهان»، «ری»، «گیلان»، «خراسان» و «فارس» دیدن کرد. حکومت قاجار، استقبال گرمی از وی به عمل آورد و مدت چهار سال در «تهران» اقامت گزید. این دوره مصادف بود با دوره ی اول جنگ های «ایران» و «روس».

میرزا محمد اخباری به «فتحعلی شاه» وعده داد که اگر از «اخباریان» حمایت کند، چله بنشیند و «سر پاول سیسانوف گرجی»، ژنرال سردار قشون «روس» را روز چهلم برای شاه تحفه کند.

فتحعلی شاه پذیرفت. محمد اخباری در حجره ای در شاه عبدالعظیم چله نشست و در به روی خود بست. روز چهلم سر ژنرال «روس» را برای شاه آوردند.

پس از آن شاه و درباریان از قدرت معنوی او به خوف افتادند و عاقبت میرزا محمد را به «عراق» تبعید کردند. او در «کاظمین» سکونت اختیار کرد و همچنان به دشمنی با مراجع تقلید و فقهای اصولی ادامه داد. دو تن از سرداران «عثمانی» در حکومت «عراق»، به این اختلاف دامن زدند و موجبات قتل میرزا محمد اخباری به دست مردم را فراهم آورند.

با وجود اختلاف شدید میان او و مجتهدان اصولی، همگان بر فضل میرزا محمد اخباری استرآبادی اقرار دارند. او به عربی و فارسی شعر می سرود و «سیل» تخلّص می کرد. تالیفاتش از هشتاد عنوان متجاوز است.

آثار:

١. آیینه عباسی در نمایش حق شناسی (امالی عباسی)

این اثر به زبان فارسی، در اعتقادات و دفاع از شبهاتی است که نصارا بر اسلام و مسلمانان ایراد کرده اند. گویا میرزا محمد اخباری آن را به دستور «عباس میرزا» فرزند «فتحعلی شاه» نگاشته است. به همین جهت نام آن را «آیینه عباسی یا امالی عباسی» نهاده است.

کتاب در پنج باب تنظیم شده است. باب اول: در رد عقاید یهود. باب دوم: در رد عقاید نصارا. باب سوم: در بشارات حضرت عیسی بر نبوت حضرت محمد (ص). باب چهارم: در رد عقاید مجوس. باب پنجم: در حقیقت اسلام و نبوت خاصه همراه با ذکر معجزات و دفع شبهات است.

تاریخ پایان تالیف کتاب ظاهراً سال ١٢٣٠ه-.ق. است.

نسخه های خطی:

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آستان قدس رضوی (ع)» به شماره ٤٠ در ٨٠ برگ موجود است.

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)» به شماره ٣٩١٤ در ١٠٧ برگ موجود است.

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آیت الله العظمی گلپایگانی (ره)» به شماره ٦٤/٥ در ٢٥ برگ، کتابت سال شاید ١٢٣٠ه-.ق. موجود است.

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی فیضیه ی قم» به شماره ١١٠٦ در ١١١ برگ موجود است.

نسخه های چاپی:

«خانبابا مشار» در «مولفین کتب چاپی» این اثر را در زمره ی کتاب های چاپی نام برده ولی مشخصات چاپی آن را ذکر نکرده است.