شماره های آنها عبارت اند از: شماره ١٠١٦٩ در مجموعه ١٩٠ برگ، شماره ٧٢٠٦ در مجموعه ٢٦٢ برگ، شماره ٦٦٣٢ در ٣٥ برگ، کتابت سال ١٣١٥ه-.ق.، شماره ٨/١٣٣٦٧ در ٤ برگ و شماره ٨/١١٤٣٢ در ٣ برگ، کتابت سال ١٢٣١ه-.ق.

نسخه های چاپی:

چاپ نشده است.

٥. تعلیقه علی المواقف

المواقف یکی از آثار کلامی «عبدالرحمان بن احمد» مشهور به «عضد الدین ایجی» متوفای ٧٥٦ه-.ق. است. بسیاری از بزرگان علم کلام، شرح و حاشیه بر آن نگاشته اند. از آن جمله تعلیقاتی است که میر فخر الدین سماکی نوشته است.

نسخه های خطی:

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی ملی جمهوری اسلامی ایران» به شماره ١٢٤٠/ع در مجموعه ای ١٩٣ برگ، کتابت سده ١٠ه-.ق. موجود است.

نسخه های چاپی:

چاپ نشده است.

٦. تفسیر آیه الکرسی

بسیاری از دانشمندان در علوم معقول و منقول، آیه الکرسی را تفسیر کرده اند. میر فخر الدین استرآبادی نیز تفسیری مختصر به زبان فارسی بر آیه الکرسی نوشته است.

مولف در این تفسیر ضمن بیان خواص آیه الکرسی به بحث توحید و اثبات واجب پرداخته است. سال پایان تفسیر ٩٥٢ه-.ق. و به «شاه تهماسب» پیش کش شده است.

نسخه های خطی:

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی دانشکدهی الاهیات و معارف اسلامی مشهد» به شماره ٩٤ در ٨٢ برگ، کتابت سال ١٠٩٠ه-.ق. موجود است.

٢ نسخه ی خطی در «دانشگاه تهران» به شماره ٤٩/٦٧١٠ در ٤ برگ و شماره ٣/٧٢٢٤ کتابت سال ١٢٢٦ه-.ق. موجود است.

٢ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی مجلس شورای اسلامی» به شماره ٦٦/٥١٣٨ در ٨ برگ، کتابت سده ١١ه-.ق. و شماره ٥/١١٤٩ در ١٥٣ برگ، کتابت سال ١٠٧٧-١١٠٨ه-.ق. موجود است.

نسخه های چاپی:

چاپ نشده است.

٧. حاشیه اثبات الواجب

نسخه های خطی:

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی ملی ملک» «تهران» به شماره ٦/١٦٣٥ در مجموعه ای ٢٦٠ برگ موجود است.

نسخه های چاپی:

چاپ نشده است.

٨. حاشیه الجواهر

ظاهراً حاشیه ی مختصری است که به زبان عربی بر مبحث «جواهر و اعراض» «شرح تجرید الاعتقاد» نگاشته است. تاریخ نگارش آن سال ٩٦٥ه-.ق. است.

این حاشیه نیز مانند دیگر حواشی وی بر شرح قوشچی بر تجرید، جداگانه نگارش یافته است. بنابراین دومین حاشیه ی