میر سید شریف جرجانی بر این شرح حاشیه نگاشت. طلاب حوزه های علمیه، از حاشیه میر سید شریف استقبال گرمی به عمل آوردند. برخی بزرگان مانند «جلال الدین دوانی» برحاشیه ی جرجانی، حاشیه نوشته است.

بعد از آن «غیاث الدین دشتکی» بر حاشیه ی میر سید شریف، با عطف توجه به حاشیه ی «دوانی»، حاشیه نگاشت.

«میرزا جان باغنوی» هم؛ حاشیه بر حاشیه ی جرجانی دارد که نسخه ی خطی آن در «کتابخانه ی مرکزی دانشگاه اصفهان» به شماره ١٧٣٠٩ موجود است.

یکی از حواشی مورد توجه، حاشیه ای است که همشهری میر سید شریف، یعنی «میرابوالفتح عربشاهی» بر «لوامع الاسرار» نگاشته است. حاشیه ی عربشاهی، بر حاشیه ی میر سید شریف، نسخه های متعددی دارد که در جای خود معرفی شده است.

نسخه های خطی:

٩ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)» به شماره ٨٠٣٣، شماره ٨٠٤٦، شماره ٨٣١٤، شماره ٢/١١٨٠١، کتابت سال ١١٠٤ه-.ق.، شماره ١٢٠٥٣، کتابت سال ١٠٩٦ه-.ق.، شماره ١١٢٥٤ در ١٧٩ برگ، کتابت سده ١٠ه-.ق.، شماره ١/١١٢٥٨ در ٢٨ برگ، در حاشیه تصحیح شده و برگ آغازین زرین، شماره ١٣٥٤١ در ١١٣ برگ، کتابت سال ١٠١٥ه-.ق.، تصحیح در حواشی با امضای منه، ضیا، شماره ١/١٢٤١٠ در ٨٠ برگ، رطوبت دیده، و شماره ٢/١١٦٦٥ در ١٠٤ برگ، کتابت سال ١٠٧٨ه-.ق. موجود است.

٢١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آستان قدس رضوی (ع)» به شماره ١٣٧٦١، کتابت سال ٨٣٩ه-.ق.، شماره ١٠٦٣٢، کتابت٨٨٣ه-.ق.، شماره ٩٨٧، کتابت سال ٨٨١ه-.ق.، شماره ٩٨٨، کتابت سال ٩١٦ه-.ق.، شماره ١١٦١، کتابت سال ٩٩٣، شماره ٩٧٧٧، کتابت سال ١٠٢٣ه-.ق.، شماره ٧٥٧٩، شماره ٩٨٩، شماره ٨٣٤٨، شماره ١٣٧٦٧، شماره ١٥٣٢٠، شماره ١٢٣٩، کتابت سال ١٠٨٢ه-.ق.، اهدایی رهبر معظم انقلاب، شماره ٢٦ در ٢٤٧ برگ، شماره ٢٣ در ١١٨ برگ، شماره ٢٢ در ٢٠٠ برگ، شماره ٢٥ در ٢٧٤ برگ و ٢٤ در ١٤٦ برگ موجود است.

٤ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی وزیری یزد» به شماره ٢/٢١٤٢ در ١٢٠ برگ، کتابت سال ١٠٤٩ه-.ق.، شماره ٢٠٢٥ در ١٧٤ برگ، شماره ١٧٩٢ در ٧٨ برگ، کتابت سده ١١ه-.ق. و شماره ٣/١٩٧٤ در ١٩٦ برگ، کتابت سال ٩٩٦ه-.ق. موجود است.

٤ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی ملی جمهوری اسلامی ایران» به شماره ٢٣١١/ع در ١٦٠ برگ، کتابت سال ٨٩٢ه-.ق.، شماره ٢٥٧٨/ع در ٢٣٢ برگ، با تصحیح در حواشی و جوهر پاشیدگی در برخی اوراق، شماره ٢٦٢٢ در ٢٠٢ برگ و شماره ٨٠٦/ع در ١٦٠ برگ، کتابت سال ١٠٣٤ه-.ق. موجود است.

٣ نسخه ی خطی در «کتابخانه مدرسه ی مروی تهران» به شماره ٦١٢، کتابت سال ١١٠٧ه-.ق.، شماره ٩٠٣، کتابت سده ١٢ه-.ق. و شماره ٨٣٦ موجود است.