شیخ محمدشفیع مسائل مهم اعتقادی و اصول دین را به زبان فارسی، در چهار مقاله و هر مقاله در چند فصل مرتب کرده و آن را به نام «شاه سلیمان صفوی» نگاشته است.

وی در بخش نبوت، شواهدی از کتاب های آسمانی ادیان دیگر و در بخش امامت از آیات و روایات بهره برده است.

نسخه های خطی:

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)» به شماره ١٠٢٣٩ در ٧٩ برگ موجود است.

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی ملی ملک تهران» به شماره ١٢/٥٨٤٥ در مجموعه ١٤٢ برگ موجود است.

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی رشت» به شماره ٢٤٩ر در یک مجموعه ٥٤٠ برگی، کتابت سال ١٢٩٦ه-.ق. موجود است.

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی دانشکدهی الاهیات و معارف اسلامی مشهد» به شماره ٩٤٦ در ١٤٢ برگ موجود است.

نسخه های چاپی:

چاپ نشده است.

٣. اعاده المعدوم

«آقابزرگ» معتقد است که این اثر متعلق به محمدشفیع استرآبادی ساکن «هند» است. پس از آن احتمال داده است که این دو شخصیت یک تن هستند.

در هر حال مسئله ی «اعاده المعدوم» از مسائل فلسفی و کلامی است که مورد توجه محمدشفیع استرآبادی قرار گرفته است.

نسخه های خطی:

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی ملی ملک تهران» به شماره ١٣/٥٩٣ در یک مجموعه ٣٠٨ برگی، کتابت سال ١١٢٥ه-.ق. موجود است.

به گزارش «آقابزرگ»، ١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی خصوصی شیخ علی کاشف الغطا» در «نجف اشرف» موجود است.

نسخه های چاپی:

چاپ نشده است.

٤. اقسام الانشاء

این اثر نیز در فهرست نسخه های خطی «کتابخانه ی ملی ملک» به محمدشفیع استرآبادی نسبت داده شده است.

نسخه های خطی:

١ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی ملی ملک تهران» موجود است.

نسخه های چاپی:

چاپ نشده است.

٥. حاشیه علی شرح الاشارات للطوسی

«شرح الاشارات و التنبیهات» اثر «خواجه نصیر الدین طوسی» در فلسفه ی اسلامی، منطق و حکمت است. شیخ محمدشفیع تعلیقات و حواشی بر آن نگاشته است.

نسخه های خطی:

هیچ نسخه ی خطی به دست نیامد.

نسخه های چاپی:

چاپ نشده است.

١٦. حاشیه بر الشافی

کتاب «الشافی» در موضوع امامت، متعلق به «شریف مرتضی» است. شیخ محمدشفیع برآن نیز حاشیه نگاشته است.