بر حاشیه ی میر سید شریف، حواشی بسیاری نوشته شده است. با مراجعه به منابعی چون کشف الظنون، به بیش از ١٠ حاشیه از بزرگان علم و دانش برمی خوریم که حاشیه بر حاشیه میر سید شریف نگاشته اند.

نسخه های خطی:

١٧ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی مجلس شورای اسلامی» به شماره ٦١/١٨٩، شماره ٢٩٣٠، شماره ٤٠٥٨ در ١٣٤ برگ، کتابت سال ٨٩٥ه-.ق.، شماره ٢٧٢٧، شماره ٣/٢٨٢٨ در ٢٦٤ برگ، شماره ١٧٤٦، شماره ٤٩٢٢ در ٧٥ برگ، کتابت سال ١٠١٥ه-.ق.، شماره ٣٧٦٤ در ١٥٢ صفحه، کتابت سال ١٠٩٢ه-.ق.، شماره ٣٨٢٣ در ٢٣ صفحه، کتابت سال ١٢٤٨ه-.ق.، شماره ٢/٢٩٣١ در ٥٦٢ برگ، شماره ٣٨٥٤ در ١٦٤ برگ، کتابت سال ١٢٣٥ه-.ق.، شماره ٢/١٦٤ در ٩٦ برگ، کتابت سده ١١ه-.ق.، شماره ٤٦٠٠ در ٨٨ برگ، کتابت سال ١٠٧٤ه-.ق.، شماره ٢/٣٦٥ در ١٦١ برگ، کتابت سده ١١ه-.ق.، شماره ٦٠/ع در ٩٤ برگ، کتابت سال ١٠٦٨ه-.ق. و شماره ١٩/ع در ١٦٤ برگ، کتابت سال ١٢٥٢ه-.ق. موجود است.

١٦ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)» به شماره ٤١٣١ در ٢٠٨ برگ، در مجموعه ای که کتابت برخی از آنها مانند کتاب اول، سال ١٠١٢ه-.ق. و کتاب دوم سال ٨٤٥ه-.ق.، شماره ٥١٠٣ در ١٠١ برگ، شماره ٥٣٥٦ در ٧٠ برگ، کتابت سال ٨٦٧ه-.ق.، شماره ٦٠٦١ در ٤٢ برگ، کتابت سال ٩٠٤ه-.ق.، شماره ٧٣٠٣ در ١٠٨ برگ، کتابت سال ١٢٥٣ه-.ق.، شماره ٧٧٦٨ در ٩٣ برگ، کتابت سال ٩٨٨ه-.ق.، شماره ٧٩٩٨ در ٩١ برگ، کتابت سال ٨٢٧ه-.ق. (احتمالاً قدیمی ترین نسخه ی خطی)، شماره ٨٤٧٦ در ١٤٩ برگ، کتابت سال ١٠٥٦ه-.ق.، شماره ٨٤٩٧ در ١٣١ برگ، کتابت سال ١٠٦٨ه-.ق.، شماره ١٠٨٧٥ در ١٠٢ برگ، کتابت سال ١٠٣٣ه-.ق.، شماره ١٢٩٠٢ در ٧٦ برگ، شماره ١١٩٩٧ در ١٦١ برگ، کتابت سال ١٠٧١ه-.ق.، شماره ١/١١٨٣١ در ٩٩ برگ، کتابت سال ١٢٥١ه-.ق.، شماره ١١٣٤٤ در ١٠٨ برگ، کتابت سال ١٢٢٩ه-.ق.، شماره ١١٥٤٩ در ١١٠ برگ، کتابت سال ١٣٣٥٤ در ٥٦ برگ و شماره ٩٩٥٨ در ٩٨ برگ، کتابت سال ١٠٩٠ه-.ق. موجود است.

١٠ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آیت الله العظمی گلپایگانی (ره)» به شماره ٧١٠ کتابت سال ١٢٣٦ه-.ق.، شماره ٧٥٢، شماره ٩٢٢ کتابت سال ١٢٤٣ه-.ق.، شماره ٢١٩٢ کتابت سده ١١ و ١٢ه-.ق.، شماره ٢٢٥٥، شماره ١٢١٠ کتابت سده ١٢ و ١٣ه-.ق.، شماره ١٢٣٦ کتابت سده ١١ و ١٢ه-.ق.، شماره ١٢٤٤ کتابت سده ١٣ه-.ق.، شماره ١٤٣٤ کتابت سال ١٢٥١ه-.ق. و شماره ١٤٠٥ کتابت سال ١٢٣٦ه-.ق. موجود است.

٢ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آیت الله فاضل خوانساری (ره)» به شماره ٣٦٨ در ١٠٣ برگ، کتابت سال ١٠٤٨ه-.ق. و شماره ٤٥٠ در ١٣٥ برگ، کتابت سال ١٢٢١ه-.ق. موجود است.

٣٣ نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آستان قدس رضوی (ع)» به شماره ١٠٦٢٢ کتابت سال ١٠٠٦ه-.ق.، شماره ١٠١٦ کتابت سال ١٠٨٠ه-.ق.، شماره ١٠٣٥٤ کتابت سال ١١١١ه-.ق.، شماره ١٢٣٩٢ کتابت سال ١١١٥ه-.ق.، شماره ٩٠٧٥ کتابت سال ١٢٠٣ه-.ق.، شماره ١٤٥٣٨ کتابت سال ١٢٠٩ه-.ق.، شماره ٨٩٣١ کتابت سال ١٢٢٩ه-.ق.، شماره