ملا صدرا، كتاب هدايه را به سبك حكمت مشّاء و به مذاق مؤلف كتاب، شرح نموده است و خيلى جديت نموده است حتى المقدور به مبانى ابهرى سر و صورت بدهد و تا آن جايى كه مقدور است و امكان دارد كلمات كتاب را به وجوه صحيح حمل نمايد و نظير برخى از شارحان، مثل فاضل اشارات به جاى شرح مشكلات، به جرح مباحث نپردازد. در شرح مطالب خاتمه كتاب هدايه در مقام تقرير متن (في احوال النشأة الآخرة) بعد از تقرير و تحرير كيفيت ظهور نفس به وساطت عقول طولى به سبك مؤلف (نه طريقه خود) گويد:

«... و ممّا يجب أن يعلم قبل الخوض في تلك المقاصد أنّ المعاد على ضربين، ضرب لا يفي بوصفه و كنهه إلّا الوحي و الشريعة، و هو الجسماني باعتبار البدن اللائق بالآخرة و خيراته و شروره، و العقل لا ينكره، و ضرب يمكن تصحيحه من جهة النظر و القياس، و الشرع لا ينكره، بل ربما يشير إليه إشارات مقنعة و عبارات مشبعة تكفي لطالب الحق و اليقين، و تهدي لمن يشاء إلى صراط مستقيم كقوله: «يا أَيَّتُهَا النَّفْسُ الْمُطْمَئِنَّةُ، ارْجِعِي إِلى‌ رَبِّكِ راضِيَةً مَرْضِيَّةً».

كلام از بن و بيخ اساس درستى ندارد؛ براى آن كه ملا صدرا در اين كتاب، مكرر به مباحث و مطالب اسفار و ساير كتب خود حوالت داده و تحقيق كامل كثيرى از مباحث را به اسفار ارجاع داده است. به نظر حقير ملا صدرا مرتب در آثار خود تصرف مى‌نموده است و اسفار را هم در مدت طولانى تكميل نموده است، لذا به كتبى كه اوايل عمر خود نوشته است، مراجعه مى‌نموده و در پاره‌اى از مطالب، تجديد نظر مى‌نموده و چه بسا حل كثيرى از مطالب را به كتابهايى كه بعدها تأليف نموده است ارجاع داده است و از آخوند، كتابى در دست نداريم كه حكايت نمايد از اين كه ملا صدرا هنگام تأليف آن، به مشرب اصالت ماهيت و ذوق التألّه گرايش داشته است و يا آن كه به حركت جوهرى معتقد نبوده و يا نفس را روحانية الحدوث مى‌دانسته است با آن كه در شرح هدايه، مباحث معاد را به طريق شيخ، تحرير نموده است و نفس را هم مثل شيخ در اين كتاب روحانية الحدوث مى‌داند و در همين شرح هدايه كرارا به اسفار و ديگر آثار خود كه عقايد خاص خود را در اين تأليفات تحرير فرموده است، ارجاع داده است.