است؛ به هريك از بخشهاى فرعى يك شماره دو رقمى اختصاص يافته كه اوّلين رقم آن همان شماره بخش اصلى ذى ربط است و طبعا نشان آن است كه اين بخش فرعى به كدام بخش اصلى مربوط است. به حسب نياز، براى هر بخش فرعى يك يا چند زير بخش منظور شده است؛ هريك از زير بخشها با يك شماره سه رقمى مشخص شده‌اند كه دو رقم اوّل آنها شماره بخش اصلى و فرعى ذى ربط است و نشان آن است كه اين زير بخش به كدام بخش فرعى و كدام بخش اصلى تعلق دارد. و بنا به اقتضاى مطلب، براى هريك از اين زير بخشها يك يا چند زير بخش فرعى ملحوظ شده است كه از شماره‌هاى چهار رقمى برخوردارند و سه رقم اوّل آنها مشخص كننده بخش اصلى و بخش فرعى و زير بخشى است كه اين زير بخش فرعى به آن تعلق دارد. در صورتى كه زيربخشهاى فرعى خود داراى يك يا چند زيربخش فرعى ديگر باشند، براى آنها شماره‌اى ملحوظ نشده، زيرا مستلزم شماره‌هاى پنج رقمى است و بنابر آن بوده كه شماره‌ها حداكثر بيش از چهار رقم نداشته باشند. براى روشن شدن مطلب؛ مثلا، فصل ششم از مرحله چهارم را در نظر مى‌گيريم، اين فصل به چهار بخش اصلى تقسيم شده:

١- بداهت نياز ممكن به علّت؛

٢- مناط احتياج ممكن به علّت؛

٣- برهان بر نظريه امكان ماهوى؛

٤- اشكال بر نظريه امكان ماهوى و جواب آن.

و مثلا، بخش چهارم آن به پنج بخش فرعى تقسيم شده:

١- ٤. اشكال؛

٢- ٤. جواب حلىّ؛

٣- ٤. جواب نقضى اوّل؛

٤- ٤. جواب نقضى دوم؛

٥- ٤. معناى عليّت و معلوليّت در اعدام.

و مثلا، بخش چهارم آن داراى دو زير بخش است:

١- ٤- ٤. رد اوّل بر جواب نقضى دوم و پاسخ آن؛

٢- ٤- ٤. رد دوم بر جواب نقضى دوم و پاسخ آن.

و بالاخره، زير بخش دوم آن خود داراى يك زير بخش فرعى است:

١- ٢- ٤- ٤. پاسخ از رد دوم و جواب آن.