شيوه كار را در اين تفسير مى‌توان در چند مرحله خلاصه كرد:
١- تقسيم آيات
در اين مرحله استاد گران قدر و محقق توانا آيات را بين برادران تقسيم مى‌نمود، سهميه هر يك بين يك تا دو صفحه قرآن مجيد در نوسان بود، براى هر جلد چند بار اين تقسيم صورت مى‌گرفت و به اين ترتيب مسئوليت هر كس مشخص مى‌شد.
٢- مرحله كار فردى
پس از تقسيم آيات، هر نفر (و در اوائل كار هر دو نفر با هم همكارى مى‌كردند) وظيفه داشت تفسيرهاى مختلف را كه از دانشمندان بزرگ اسلام اعم از شيعه و اهل سنت به يادگار مانده در رابطه با آيات سهميه خود مورد مطالعه و بررسى قرار دهد و پس از مطالعه كافى حاصل مطالعات و برداشت‌هاى خود را روز كاغذهاى مخصوصى كه عنوان «جلسه تفسير» روى آن چاپ شده بود، نوشته و تحويل جلسه دهد.
تفاسيرى كه مورد مطالعه قرار مى‌گرفت معمولًا همان تفسيرهائى است كه در آغاز هر جلد نام آنها آمده است و گاه تفسيرهاى ديگر.
٣- بررسى در جلسه مشترك
هر روز يك جلسه مشترك با حضور حضرت استاد و اعضاء تشكيل مى‌گرديد و جالب توجه اين كه اين جلسات هيچ گونه تعطيلى نداشت و در تمام طول سال بدون استثناء تشكيل مى‌گرديد، حتى روزهاى مخصوص سوگوارى وتعطيلى (مگر اين كه مسافرتى پيش مى‌آمد) حتى در ايامى كه استاد در «مهاباد» و در «انارك نائين» از طرف رژيم طاغوت در تبعيد بود كار تفسير تعطيل نشد و دوستان به نوبت (هر ده روز دو نفر) براى ادامه كار به تبعيدگاه سفر مى‌كردند و