تسلط مغولها گرفته مى‌شد منسوخ سازد و امور كشور را با مالياتهاى شرعى بسامان رساند. وى معتقد بود كه «مال خراج» شرعى اگر درست وصول شود براى تأمين احتياجات كشور كفايت مى‌كند و سربازان مى‌توانند با دريافت منظم جيره و مواجب خود با خيال راحت حفاظت مرزها را بر عهده گيرند.

فضل اللّه روزبهان اظهار تأسف مى‌كند كه قاضى وجهه و محبوبيتى را كه به عنوان يك روحانى داشت كم‌كم در نتيجه گذشت زمان از دست داد. دوستان و هواداران نخستين خود را كنار گذاشت و به دنبال جمعى «بى‌اصل و بنياد» رفت و «مثالب و مساوى» وى بر سر زبانها افتاد.

قاضى القضات، برادر خود شيخ عيسى قاضى را كه فقيهى نامدار بود مأمور كرد تا به همراه كارشناسان دولتى و با داشتن اختيارات تمام، برنامه اصلاحات ارضى و تغيير سيستم مالياتى را در سرتاسر فارس و عراق بموقع اجرا بگذارد.

پيشاپيش نيز نمايندگانى به كليه شهرها فرستادند و دستور دادند كه دينارى از بابت «سيورغالات» به كسى پرداخت نشود تا مأمورين ديوان فرا رسند و وضع و مساحت و حدود املاك را مشخص سازند و «هر مرز و ساحت را حرز و مساحت كنند». به همراه اين مأمورين يك‌نفر روحانى به قول فضل اللّه: «ملّا شكل قاضى نام» نيز اعزام كردند تا در كار صورت‌بردارى از املاك نظارت كند. داستان سخت‌گيريها و افراطكاريهاى شيخ على و مأمورين او در قزوين و اصفهان و شيراز و يزد كه موجب برآغاليدن بسيارى از متنفذين و امرا و مخالفت مشايخ و علما گرديد به تفصيل در كتاب فضل اللّه نقل شده است. اقدامات اين هيأت تا مرگ سلطان يعقوب (٨٩٦) ادامه داشت و چون خبر مرگ او رسيد فرماندار فارس شيخ على را بازداشت كرد و او را به تبريز فرستاد. كار او پس از تحمل زجر و شكنجه بر سر دار افتاد و به قول امينى به «تعليق و تفضيح انجاميد». قاضى عيسى خود نيز در قراباغ گرفتار و اعدام شد.

تفصيل جزئيات اين قبيل امور در كمتر اثرى از مورخين حرفه‌اى پيدا مى‌شود. چنانكه در «احسن التواريخ» روملو از اين ماجرا به اشاره‌اى كوتاه بسنده شده است. اطلاع ما از اين جزئيات مرهون فقاهت فضل اللّه و علاقه باطنى او به تعقيب مسائل حقوقى است.