این مدت حوادث مهاباد، سنندج و سردشت پیش آمد که اشاره شد. همچنین حادثه نقده[١] رخ داد و بعد حادثه مریوان و پاوه و کشتار پاسداران بومی این دو شهر پیش آمد که به صدور فرمان تاریخی امام درباره کردستان در تاریخ ٢٨/٥/١٣٥٨ منجر شد.

فرمان امام، یک بسیج عجیب و بی سابقه در مسئله کردستان ایجاد کرد و سپاه امکان یافت نیروهای داوطلب مردمی بسیاری را سازماندهی و راهی منطقه کند. تجهیزات و مهمات و امکانات ارتش در منطقه و نیز نیروهای محلی سپاه در شهرها موازنه را به کلی در مناطق کردنشین به نفع نظام و نیروهای مسلمان تغییر داد. این مرحله دوم حوادث کردستان محسوب می شود که اندکی بیش از دو ماه طول کشید. طی این دو ماه، عناصر مسلح و گروه های مسلح محلی، عمدتاً حزب دمکرات و در مرحله بعد کومه له و نیز عناصر وابسته به سازمان های سراسری از قبیل سازمان چریک های فدایی خلق از مراکز تصرف شده در شهرها، پی درپی رانده می شدند و حاکمیت دولت استقرار می یافت، امّا این استقرار موقتی و بدون برنامه کامل دائمی شدن بود. در واقع این قیام ملی سبب شده بود مدعیان حاکمیت بر کردستان از صحنه درگیری با موج وسیع داوطلبان اعزامی فرار کنند، نه اینکه تکلیف نهایی آنان تعیین شود.

نیروی پیروز مبتنی بر احساس نیاز انقلاب، به قصد "ممانعت از سقوط شهرهای کردنشین به دست ضدانقلاب فرصت طلبی که در پوشش های مختلف سلطه خود را بر مردم تحمیل کرده است"، عمل می کرد.

این نیرو برای خود در آزادسازی ها بیش تر نقش موقت قائل بود، تا حرکت بر اساس کار تشکیلاتی و نهادی با مرکزیت تصمیم گیری واحد. از این رو در شهرها و مناطق آزاد شده نهادها و تشکیلات متناسب با این آزادسازی تأسیس نشد. در نتیجه عامه مردم کرد خود را در عمل با گروه های محلی قوم گرای پیگیر و دارای برنامه و متقابلاً با نیروهای دولتی و داوطلب موقتی و غیرقابل اتکا مواجه می دیدند.

این بلاتکلیفی ضمنی، با ایجاد هیئت حسن نیت، کاملاً به یک طرف، یعنی به زیان نیروهای هوادار نظام فرو غلطید. در اواخر مهرماه، داریوش فروهر سفری به کردستان کرد و گزارشی به دولت و امام تقدیم کرد. در پی آن بحث هایی در ضرورت تشکیل گروهی از وزیران مرتبط با امور کردستان انجام گرفت و در نهایت اوایل آبان ماه، در مطبوعات "توقف عملیات نظامی در کردستان" رسماً اعلام شد. به این ترتیب هیئت ویژه بررسی مسائل کردستان یا هیئت حسن نیت کار خود را شروع کرد و دورة جدیدی در مسائل کردستان شروع شد.

[١] درباره حادثه نقده رجوع کنید به هادی نخعی و حسین یکتا، کتاب اول روزشمار جنگ: پیدایش نظام جدید (تهران، مرکز مطالعات و تحقیقات جنگ، ١٣٧٥).