إنّ الأهداف الأساسية التي يأخذ المركز على عاتقه تحقيقها تتلخص في إعداد الطلبة الفضلاء والمحققين من ذوي الكفاءة وتأهيلهم للمراحل العلمية والاجتهادية الراقية ليضطلعوا برسالتهم العلمية في حقلي الفقه واُصوله للإجابة على المسائل المستجدة وكتابة البحوث والمقالات والكتب .

أقسام المركز :

يشتمل المركز على خمسة أقسام ، هي :

١ ـ قسم التعليم .

٢ ـ قسم التأليف والبحوث .

٣ ـ قسم التحقيق .

٤ ـ المكتبة .

٥ ـ قسم الانترنيت ، الحاسوب ، التسجيل والتصوير .

والآن مع لمحة عن هذه الأقسام للمركز الفقهي للأئمة الأطهار (عليهم ‌السلام) .

١ ـ قسم التعليم :

ويأتي هذا القسم على رأس أنشطة المركز وبرامجه . ويتألف من عدّة مجاميع من الطلبة الفضلاء والنابهين الذين يعملون ـ بعد قبولهم في الاختبار والمقابلة العلمية ـ في مجال البحث والتحقيق الفقهي والاُصولي .

وتنضوي تحت هذا القسم خمسة لجان علمية هي :

أ ـ لجنة بحوث القضاء .

ب ـ لجنة بحوث الحج .

ج ـ لجنة بحوث الإجارة .

د ـ لجنة الإقتصاد الإسلامي .

هـ ـ لجنة اُصول الفقه ( ١ ) .

و ـلجنة اُصول الفقه ( ٢ ) .

ز ـ لجنة القواعد الفقهية .

ح ـ لجنة بحوث الصلاة .

ط ـ لجنة بحوث الخُمس .

ي ـ لجنة البحوث المستحدثة .