پدرانش نام ابو جعفر محمّد، يعنى باقر بن على عليه السّلام گذشت و اين نيز به نام و كنيه او و نام پدرش به نام پدر اوست از اين رو به ابو جعفر دوم معروف است، وى اگر چه خردسال بود ولى بزرگوار و بلند آوازه بود، دو لقب قانع و مرتضى دارد.

شيخ طبرسى، القاب تقىّ، جواد و مرتضى را براى وى آورده«٣٦١» ولى قانع را ذكر نكرده است.

ابن طلحه مى‌گويد:«٣٦٢» امّا مناقب آن حضرت، كسى را فرصت مسابقه با او در مناقب نباشد گر چه مدّت زمان رسيدن به آن مناقب كوتاه بود. مقدّرات الهى با وجود فرصت اندك او در دنيا، بر استحكام و استوارى مناقبش رفته بود، چه آن كه اقامت او در دنيا كوتاه بود و مرگ خيلى زود به ديدارش شتافت و عمر زيادى نكرد و روزگار حياتش به درازا نكشيد، جز اين كه خداوند بزرگ منقبتى درخشان را به وى تخصيص داد و بزرگواريهايى را از او آشكار ساخت كه اشعّه نورانى‌اش تابنده و در مراتب برترى، بالاترين جايگاه را پيدا كرد. چشمان هر بيننده را خيره و همه جا را روشن ساخت، نشانه آثارش براى خردمندان آشكار است و اين منقبت اگر چه در صورت يكى است ولى معانى‌اش بسيار، و نوع آن كوچك، امّا دلالتش مهمّ است توضيح آن كه چون يك سال پس از رحلت على الرّضا عليه السّلام پدر بزرگوار ابو جعفر محمّد بن على عليه السّلام مأمون به بغداد رفت، از قضا روزى به قصد شكار بيرون آمد و در بين راه از محله‌اى از شهر گذر كرد كه در آنجا بچه‌ها بازى مى‌كردند، محمّد عليه السّلام كه در آن هنگام حدود يازده سال داشت همراه بچه‌ها در كنارى ايستاده بود، وقتى كه موكب مأمون به آن محل رسيد، بچه‌ها فرار كردند، اما ابو جعفر همچنان ايستاد و از جاى خود حركت نكرد، خليفه نزديك او رفت و نگاهى به او كرد و آثار بزرگى را كه خداوند بزرگ بر او متجلّى ساخته بود در سيماى آن حضرت ديد، خليفه ايستاد و گفت: اى پسر چرا با آن بچه‌ها به سمتى نرفتى؟

محمّد عليه السّلام فورى جواب داد: يا أمير المؤمنين نه راه تنگ بود كه با رفتنم گشاد شود و نه جرمى داشتم تا بترسم و بگريزم و اين خوش بينى را دارم كه شما بى گناه را زيان نمى‌رسانيد! مأمون از سخن گفتن و سيماى وى در شگفت ماند. پرسيد: اسم تو چيست؟

گفت: محمّد، پرسيد: پسر كه هستى؟ فرمود: يا أمير المؤمنين من پسر علىّ الرّضا عليه السّلام‌

«٣٦١» اعلام الورى ، ص ٣١٣.

«٣٦٢» مطالب السؤول ، ، ص ٨٧ و در كشف الغمه ، ، ص ‌ ٢٨٢.