خانه امن خدا او را از گزند سلطان عثمانى و مزدورانش محافظت نمى‌كند چگونه مى‌توان انتظار طرح مسأله‌اى را داشت كه اساس حكومتهاى جور زمانه را هدف گرفته است.

اگر پس از اين دوران سياه اختناق براى بار سوم مسأله ولايت فقيه در حكومت شيعه صفوى به منظور فقاهتى كردن نظام سياسى ايران كه به نام تشيع شهرت گرفته بود توسط فقهايى چون محقق كركى مطرح مى‌شود به خاطر فضاى باز و آزادى بوده است كه طرح نوين انديشه سياسى ولايت فقيه را ايجاب مى‌نموده است.

دوران چهارم طرح انديشه سياسى ولايت فقيه را در آغاز حاكميت دودمان قاجار در ايران شيعى مى‌بينيم كه پس از خونريزيهاى وحشت‌آور و اختناق‌زاى محمد قاجار و نرمش ظاهرى فتحعليشاه، قلمهاى فقهايى چون كاشف الغطا و دو فرزند فقيهش و شاگردان آنها مانند ميرفتاح مراغى و نيز ملا احمد نراقى و ميرزاى قمى آزاد مى‌شود و بار ديگر اين انديشه سياسى در فقه شيعه احيا مى‌گردد.

ميرزاى نايينى با قرائت جديد از ولايت فقيه، تئوريك نمودن آن را براى حل بحران سلطنت استبدادى قاجار به دلايلى ناگفته رسا و كافى نمى‌بيند و به تئورى عقلى دفع افسد به فاسد روى مى‌آورد و از اين نظريه سياسى به نظام‌سازى مشروطه مى‌پردازد و اگر اين دوره را دوران پنجم انديشه سياسى ولايت فقيه محسوب نماييم، امام (ره) در دوره جديدى كه مى‌توان از آن به دوره ششم ولايت فقيه تعبير نمود قرار مى‌گيرد و با بازگشت به انديشه اصلى شيعه در ولايت فقيه آن را بنياد اصلى تئورى سياسى خود قرار مى‌دهد و از درون آن تئورى انقلاب و نظريه نظام‌ساز جمهورى اسلامى را استخراج و براى استقرار آن خود شخصاً رهبرى انقلاب را بر عهده مى‌گيرد.

با توجه به اين سير تحول نمى‌توان انديشه سياسى ولايت فقيه را از ابتكارات امام (ره) به شمار آورد چنانكه خود بارها بر آن تأكيد نموده‌اند «ولايت فقيه انديشه سياسى بنيادى تشيع در عصر غيبت بوده است.»؛ لكن ابتكار و نوآورى امام (ره) در تئوريك نمودن انديشه سياسى ولايت فقيه است. كه حتى در مقايسه با كارى كه محقق كركى در فقاهتى كردن رژيم صفويه و يا كار تئوريكى كه ميرزاى نائينى در توجيه فقهى مشروطه ارائه داده كاملاً متمايز مى‌باشد.